La Mouche : BRUNDLE, un scientifique reclus dans son laboratoire, présente à une journaliste son invention qui va révolutionner le Monde : la téléportation. Un objet est désintégré dans une cabine et est recomposé dans une autre. Seul petit hic, cela ne marche pas sur un être vivant. Elle suit ses recherches, et plus si affinités, jusqu'au grand jour où il se téléporte lui-même d'une cabine à l'autre. Petit problème cependant : une mouche s'est introduite dans la cabine de départ et à l'arrivé une fusion entre les deux êtres s'est effectuée. Commence alors une effroyable mutation de BRUNDLE en BRUNDLEFLY. La mouche 2 : Le 1er volet laissait entrevoir une suite puisque la journaliste était enceinte de BRUNDLE. Voici donc le fils qui a perdu sa mère à la naissance et dont on observe en permanence les exceptionnelles capacités et la croissance ultra-rapide dans un centre de haute sécurité où il est enfermé en permanence. Il reprend les études de son père pour le bien de l'humanité pense-t'il, alors quen fait, il est manipulé pour de basses raisons d'intérêt.