Le film s'inspire de la rébellion de Satsuma en 1877, une rébellion de samouraïs dirigée par Takamori Saigo contre l'armée impériale japonaise, et de l'histoire de Jules Brunet, un officier français qui démissionna de l'armée française par fidélité envers le dernier shogun Tokugawa Yoshinobu qui avait précédemment passé un traité d'amitié avec Napoléon III. En 1876, Nathan Algren, un vétéran des guerres indiennes, est engagé par le politicien et conseiller de l'empereur, Omura. Celui-ci souhaite se débarrasser d'un ancien général de l'armée nippone, le légendaire samouraï Katsumoto, et engage Algren pour qu'il entraîne l'armée japonaise. Tandis qu'ils attendent l'arrivée des samouraï dans une forêt dans le Yoshino, les samouraï attaquent et massacrent les conscrits japonais. Algren est capturé et emmené dans le village du fils de Katsumoto, Nobutada, loin dans les montagnes. Peu à peu, Algren apprend à connaître et à comprendre l'esprit du samouraï, et cette antique sagesse qu'essaye de préserver Katsumoto. C'est aux côtés des samouraï qu'il va prendre part à la fin de l'ancien ordre, guidé par son sens de l'honneur.