1944, en représaille à l'assassinat d'un officiel allemand, les nazis obligent le prêtre Lankester Merrin à désigner lequel de ses paroissiens va mourir. Cet événement lui brise l'esprit et lui fait perdre sa foi. En 1947, Merrin, devenu archéologue, fait une découverte spectaculaire en Afrique de l'Est: il trouve une église byzantine intacte enterrée dans le sable...