Dexter Morgan n'est pas exactement un citoyen américain comme les autres, il porte un lourd secret. Dexter est un expert en médecine légale spécialisé pour l'analyse de traces de sang dans la police le jour et un tueur en série la nuit.
Suite à un traumatisme dans sa plus tendre enfance puis recueilli par un officier de police de Miami, il se dit incapable de ressentir la moindre émotion. Incapable, si ce n'est lorsqu'il satisfait ses pulsions meurtrières, que son père adoptif, Harry Morgan, lui a appris à canaliser. De fait, Dexter ne tue que les autres tueurs qui sont parvenus à échapper au système judiciaire, afin de protéger les innocents?
Dexter s'est marié avec Rita et leur fils est né, Harrison. Dexter veut arriver à donner du bonheur à sa famille mais il va vite s'apercevoir que gérer une vie de famille en plus de son Passager Noir ne se fait pas des plus facilement.
En ville, l'agent Lundy fait son retour mais il est à la retraite. Cependant, il continue de mener son enquête car il a une piste sérieuse sur le « Tueur de la Trinité », un vieux dossier qu'il n'a jamais réussi à compléter.Épisode 1 : Morphée contre Trinité :
Six mois ont passé depuis la fin de la saison précédente. Dexter, père d'un petit Harrison, et sa compagne vivent maintenant dans une nouvelle maison avec leurs trois enfants. Concilier paternité, travail et meurtre est devenu difficile. La fatigue des nuits blanches entraîne des tensions avec ses collègues. L'agent Lundy, maintenant retraité, revient à Miami dans le but de capturer un serial killer surnommé « Trinité ». Alors qu'il vient d'assassiner une nouvelle victime, Dexter s'endort au volant?
Épisode 2 : Et les restes, alors ? :
Exténué par sa triple casquette de père de famille, de laborantin pour la Police criminelle de Miami et de tueur, Dexter a été victime d'un accident de la route. Hospitalisé, il souffre d'une légère amnésie. Où est passé le corps de sa dernière victime ? Commence alors une course contre la montre pour retrouver les indices du meurtre qu'il a commis, sans se faire remarquer par ses collègues ou Rita. De son côté le « Trinité » poursuit son sinistre rituel. La s?ur de Dexter est chargée de l'enquète, épaulée par l'agent Lundy. Le poste de Police est encore une fois soumis aux flashs de la presse qui suit avidement l'affaire. La tension monte et met à rude épreuve les relations qui se nouent à l'intérieur même du commissariat?
Épisode 3 : Aveuglé par la lumière :
Dexter fait face aux bonnes intentions invasives de tout son entourage. Rita, ayant réalisé la gravité de l'accident refuse qu'il conduise lui-même pendant quelques jours, le forçant à se faire accompagner et raccompagner au commissariat. Quinn, ayant des remords, tente un rapprochement par le biais de cadeaux coûteux et de discussions entre potes improvisées. Enfin, le voisinage de Dexter fait face à une série d'actes de vandalisme qui vont mener ses voisins à organiser des rondes de nuit pour faire cesser les dégradations. Le « Trinité » est, lui, favorisé par l'orientation de l'enquête donnée par le lieutenant LaGuerta qui essuie un feu nourri en compagnie de Batista en enquêtant sur un suspect indiqué par les recherches de Dexter. Pour pouvoir rattraper ce retard et poursuivre celui que la presse surnomme « Le tueur de touristes », Dexter va devoir prendre ses distances avec cet environnement tout en ménageant la couverture qu'il lui fournit.
Épisode 4 : Un peu de liberté ! : Rita s'en va le temps d'un week-end et emmène les enfants, laissant Dexter libre de tout mouvement pour 3 jours. Il s'intéresse dès lors à un double meurtre suspect, perpétré par un dealer mort peu après et dont est rescapée une femme policière. Il se retrouve en même temps confident et conseiller malgré lui du couple du commissariat. Lundy aussi joue la carte amoureuse et se rapproche de Debra. Cette histoire lui permet de reporter un temps son attention sur autre chose que la série de « Trinité » qui continue sa route et se rapproche de celle de l'agent spécial Lundy, jusqu'à ce que les deux se croisent?
Épisode 5 : Inspecteur Harry : Dexter s'interroge sur l'identité du tireur qui a blessé sa s?ur. Selon toute logique, ce devrait être « Trinité ». Harry pousse Dexter à poursuivre celui-ci pour se venger. Grâce aux enregistrements audio de Frank Lundy que Dexter a récupéré, ce dernier apprend que « Trinité » n'est pas le tueur solitaire qu'il imaginait, mais, tout comme lui, un père de famille.
Épisode 6 : Les Charpentiers du c?ur :
Dexter a découvert que « Trinité » était comme lui : un tueur qui a réussi à avoir une vie sociale accomplie et une famille. Il choisit alors pour sauver son couple de mettre de côté son code pour en savoir plus sur sa proie. Pendant ce temps, Maria annonce à Angel qu'il va être transféré à la répression des fraudes.
Épisode 7 : L'Étale :
Dexter et « Trinité » entretiennent une relation épistolaire par cadavres interposés.
Épisode 8 : Tueurs en vadrouille :
Au hasard d'une péripétie, Dexter a assassiné, lors d'un de ses rituels, un innocent. Pris de mal-être, il veut savoir comment « Trinité » gère ce sentiment. Ils partent faire un tour en voiture pour en parler?
Épisode 9 : L'Affamé : s'aperçoit que « Trinité » terrorise ses proches pour maintenir l'image de la famille parfaite. Alors qu'il arrive à la fenêtre, Masuka voit Elliot embrasser Rita qui se laisse faire l'espace d'un instant pour se ressaisir ensuite. Debra en apprend plus sur la mort de Lundy durant le Thanksgiving américain.
Épisode 10 : Les Innocents :
Une course contre la montre s'engage entre Dexter et « Trinité ». Ce dernier a kidnappé un enfant de 10 ans, portant son cycle de crime à quatre victimes et non trois comme Lundy le supposait. De son côté, Debra oriente l'enquête sur le meurtre de l'agent Frank Lundy sur la piste d'une journaliste. À la fin Dexter promet à son fils, Harrison, de ne jamais lui faire de mal. Dexter commence à ressentir des sentiments paternels envers lui?
Épisode 11 : Enchanté, Dexter Morgan ! :
Christine a été amenée au Miami Metro pour découvrir ses liens avec « Trinité ». Pendant ce temps, Dexter et Arthur se traquent à travers la ville. Arthur traque à travers tout Miami les « Kyle Butler » mais finit par découvrir que Dexter a utilisé un pseudonyme.
Épisode 12 : Guet-apens :
Dexter pourchasse Arthur à travers la ville et se fait arrêter par la police pour conduite dangereuse. De son côté, Debra découvre le passé de Dexter. Pendant ce temps, alors que la famille d'Arthur monte dans une voiture de police, Dexter a une vision de sa propre famille montant dans le même genre de voiture. Harry explique à Dexter que ses crimes le rattraperont un jour et que sa famille en paiera les conséquences. Dexter s'engage par la suite dans une course contre la montre pour protéger sa famille d'Arthur et en finir avant que la police ne mette la main sur ce dernier. Puis, lorsque Dexter a enfin réussi à attraper Arthur et à se débarrasser de lui, il va chez lui prendre son sac pour partir rejoindre Rita. Après être arrivé, il voit Rita dans sa baignoire et comprend que sa vie et celle de sa famille ne sera plus la même.