Dexter Morgan n'est pas exactement un citoyen américain comme les autres, il porte un lourd secret. Dexter est un expert en médecine légale spécialisé pour l'analyse de traces de sang dans la police le jour et un tueur en série la nuit.
Suite à un traumatisme dans sa plus tendre enfance puis recueilli par un officier de police de Miami, il se dit incapable de ressentir la moindre émotion. Incapable, si ce n'est lorsqu'il satisfait ses pulsions meurtrières, que son père adoptif, Harry Morgan, lui a appris à canaliser. De fait, Dexter ne tue que les autres tueurs qui sont parvenus à échapper au système judiciaire, afin de protéger les innocents?
Épisode 1 : Ma faute :
Rita est morte. Dexter, portant Harrison dans ses bras, est totalement perdu et commence à ressentir des sentiments humains, insoupçonnés pour lui. Pendant que Debra prend le FBI en main, Quinn commence à enquêter de son côté sur l'analyste.
Épisode 2 : Santa Muerte :
Après l'enterrement de Rita, Dexter essaie de tourner la page et pense à reconstruire sa vie avec les enfants en cherchant une nouvelle maison et se remet en chasse. Quinn ne sait pas trop quoi faire avec Debra. Angel découvre un compte secret de LaGuerta, avec beaucoup d'argent.
Épisode 3 : Serial grilleur : Dexter et Debra cherchent une nounou pour Harrison. Debra doit s'associer à l'agent Manzon pour progresser dans son enquête, pendant que Dexter organise son prochain meurtre.
Épisode 4 : Une question de confiance :
Alors que Dexter était en train de tuer sa dernière victime, une jeune femme a observé l'intégralité de la scène. C'est la course pour Dexter, qui est appelé par Debra sur la dernière scène de crime et doit aussi rassurer la nounou de Harrison. Pendant ce temps-là, Quinn a de plus en plus de doutes sur l'innocence de Dexter dans l'affaire du Tueur de la Trinité.
Épisode 5 : Horus :
Dexter, inquiet de voir des signes avant-coureurs chez son fils, décide de consulter une psychologue. Il décide par la même occasion de retrouver les agresseurs de Lumen, mais doit éviter qu'elle ne le fasse avant lui. De son côté, Debra se retrouve à travailler avec Angel, depuis que Quinn est en congés forcés pour avoir essayer de rentrer en contact avec Jonah Mitchell. Plus tard, Quinn demande à Stan d'enquêter sur Dexter?
Épisode 6 : Cloisonnement :
Les membres de la Miami Police Metro sont sur le point de passer une nuit à un rythme effréné : Dexter repart en chasse avant de découvrir que Lumen est encore à Miami, Debra monte une opération pour arrêter les frères Fuentes, et Angel se dispute avec sa femme.
Épisode 7 : Sainte Brigitte :
Lumen veut s'impliquer dans les « actes » de Dexter, malgré son refus. Mais un accident de la route change la donne, puisque la Metro Police découvre l'affaire. Pendant ce temps, LaGuerta essaie de trouver un moyen de régler vite l'affaire Fuentes.
Épisode 8 : Tic tac, tic tac :
Dexter s'immisce dans la conférence de Jordan Chase pour chasser Cole, son chef de sécurité. Lumen a d'autres soucis, car son ex-fiancé est venu à Miami pour elle. A la Miami Metro Police, le fiasco de l'opération de la boîte de nuit pousse LaGuerta à mettre un de ses agents sur la touche, ce à quoi Debra s'oppose.
Épisode 9 : Crise d'ado :
Dexter se rapproche de Jordan Chase, mais doit prendre quelques risques. Mais les choses se compliquent pour Lumen et lui, puisque Astor et une amie arrivent en pleine nuit à la maison, saoules. De son côté, Debra découvre que des preuves ignorées pourraient permettre de rouvrir l'affaire des filles dans des barils.
Épisode 10 : Numéro 13 : Dexter et Lumen, malgré Jordan à leurs trousses, retrouvent Emily Birch, qui connait le secret de Jordan Chase, et les mènent vers le cinquième homme de la photo. La Miami Metro Police rouvre officiellement l'affaire des filles dans les barils, et Debra se charge des preuves chez Cole Harmon.
Épisode 11 : L'Appât :
Dexter et Lumen, tout en planifiant la capture de Jordan Chase, découvrent qu'ils sont observés par Stan Liddy. Pendant ce temps, Deb et Quinn se rapprochent dangereusement des deux assassins, soupçonnant que Chase est la proie d'un couple de tueurs justiciers.
Épisode 12 : Sa dextérité :
C'est une course contre la montre qui s'ouvre à Dexter. Jordan Chase a capturé Lumen, et la police en a aussi après Chase. Mais la découverte macabre du corps de Liddy va ralentir leur course. Quinn est alors suspecté du meurtre de Liddy, ce qui rend perplexe Debra qui tente de découvrir la vérité en fouillant chez Quinn?