Une nouvelle station de combat impériale, l'Étoile de la mort, est en construction en orbite autour de la lune forestière d'Endor. Dark Vador débarque dans une navette pour annoncer la venue prochaine de l'Empereur Palpatine en personne. Terrorisé, le commandant annonce que les équipes vont redoubler d'efforts.
Sur Tatooine, C3PO et R2-D2 se retrouvent en mission dans le palais de Jabba le Hutt, afin de délivrer un message de la part de leur maître Jedi, Luke Skywalker. Ce message demande une audience à Jabba pour négocier la vie de Han Solo, encore congelé dans un bloc de carbonite, et offre au Hutt ses messagers en gage de bonne volonté. Jabba refuse de négocier mais accepte tout de même le cadeau de Luke et prend les droïdes à son service. Entre en scène un chasseur de primes, Boushh, amenant avec lui une prise de plus pour Jabba : le grand Wookie Chewbacca livré enchaîné. Boushh utilise un détonateur thermique, sorte de bombe à retardement, comme moyen de négociation. Amusé, Jabba l'accepte dans sa Cour, aux côtés de contrebandiers et d'autres chasseurs de primes comme Boba Fett. La nuit venue, Boushh s'approche du caisson cryogénique pour libérer Solo. Le chasseur de primes casqué se révèle être la princesse Leia. Han est temporairement aveugle, un effet secondaire de la congélation. Les convives de Jabba, qui ont assisté à toute la scène, se tordent de rire, Salacious Crumb en tête. Jabba jette Han en cellule avec Chewbacca. Quant à Leia, séduit par son charme, il la prend comme danseuse. Le lendemain, Luke influence les gardes grâce à la Force et parvient à entrer dans la salle du trône. La discussion avec Jabba tourne court (celui-ci étant insensible à la Force), Luke tombe dans une fosse pour être soumis aux mâchoires d'un terrible monstre, le Rancor. Il parvient à le tuer en l'écrasant sous la porte magnétique qui sépare son antre des douves. Courroucé par la perte de son monstre favori, Jabba décide de jeter Skywalker et Solo en pâture au Sarlacc, qui consiste en une lente digestion dans l'estomac d'une terrible créature pendant plus de mille ans. Arrivé sur le site, Luke déclenche l'hilarité générale en professant des menaces de mort à toute l'assistance. Sûr de lui, il est le seul à remarquer R2 sur le pont principal de la barge. Au signal convenu, le droïde expulse un sabre laser dans les airs. Le Jedi s'en empare et s'ensuit une bataille tumultueuse qui voit la fin de Jabba et de sa Cour dans l'explosion de la navette. Han envoie incidemment Boba Fett, le chasseur de primes responsable de sa capture, tout droit dans la gueule du Sarlacc.
Un cosplay du chasseur de primes Boba Fett.
Au même moment, l'Empereur Palpatine débarque à bord d'une navette impériale sur le site de construction de son Étoile de la mort, avec sa garde et ses dignitaires, sur fond de flotte ininterrompue de chasseurs TIE illustrant la grandeur de l'Empire galactique. Il vient s'enquérir de l'avancement des travaux et annonce à son fidèle apprenti Dark Vador la fin proche de l'Alliance rebelle et du jeune Skywalker.
En quittant Tatooine à bord de son X-wing, Luke entreprend de rendre visite à son vieux mentor Yoda sur Dagobah. Très affaibli, ce dernier lui annonce qu'il n'a plus rien à lui apprendre. La dernière étape de Luke dans sa formation de Jedi sera d'affronter Vador, son propre père, à nouveau. Alors que Luke s'apprête à repartir, désemparé, l'esprit d'Obi-Wan Kenobi lui apparaît. Le fantôme du maître Jedi raconte brièvement la déchéance d'Anakin Skywalker, son ancien apprenti et père de Luke, vers le Coté obscur. Le jeune homme apprend avec stupeur l'existence d'une s?ur jumelle cachée à sa naissance. Se fiant à son intuition, il découvre que cette s?ur n'est autre que son amie Leia.
Dans le vaisseau amiral de l'Alliance, Mon Mothma, la chef de l'Alliance, résume la situation : un champ de protection, provenant de la lune d'Endor, protège l'Étoile de la Mort de toute attaque extérieure. Afin d'avoir des chances de succès dans le conflit, les rebelles doivent détruire cette nouvelle menace avant qu'elle ne soit opérationnelle. Pour cela, ils disposent d'une navette impériale dérobée et des mots de passe d'accès de sécurité donnant accès à la lune d'Endor. Leur plan consiste à désactiver le champ de protection du site, en faisant sauter la source d'énergie contenue dans un bunker sur la lune : ce seront Luke, Leia et Han qui s'en occuperont, à la tête d'un commando. La flotte rebelle, en sortant de l'hyperespace, est chargée de détruire la station spatiale par une attaque éclair en espérant que le bouclier soit désactivé; c'est l'amiral Ackbar, originaire de Dac, qui dirigera la flotte. Enfin, une escouade composée de X-Wing, B-Wing, A-Wing ainsi que du Faucon Millenium, devra porter le coup final : dès la dissipation du champ de protection, les chasseurs s'infiltreront dans la trouée d'alimentation de l'Étoile, pour atteindre le générateur d'énergie situé en son c?ur et le détruire, provoquant la destruction de l'ensemble par une réaction en chaîne ; c'est Lando, récemment promu général, qui dirigera l'escouade depuis le Faucon, dont le copilote est Nien Nunb.
Ce plan doit se confronter à ceux de l'Empereur, qui a décidé de tendre un piège à l'Alliance à ce même endroit. Tout se passe relativement bien au début pour les rebelles, malgré un passage difficile au moment de la divulgation du mot de passe, ce qui fait dire à Luke, percevant réciproquement la présence de son père dans le croiseur impérial qui effectue le contrôle, que sa propre présence est un danger pour la mission.
La lune forestière d'Endor correspond à des tournages en extérieur filmés au parc national de Redwood, Californie.
La lune d'Endor contient des surprises : des mauvaises, les motos à suspension qui permettent aux éclaireurs impériaux d'atteindre des vitesses considérables dans les forêts de séquoias et des bonnes, la tribu des petits Ewoks, par l'intermédiaire de Wicket qui croise le chemin de Leia. Ils prennent 3PO, le droïde doré, pour un dieu parlant leur dialecte et sont prêts à aider le commando. Les Ewoks se joignent à la cause rebelle, l'attaque du bunker est prévue pour le lendemain. La nuit, dans le village des Ewoks, Luke s'éclipse du groupe, ayant réfléchi sur l'événement avec son père, qui l'a détecté sur la navette lors du contrôle orbital du mot de passe : il décide de se livrer aux forces impériales. La rencontre a lieu sur la passerelle du bunker impérial. Vador constate que Luke s'est confectionné un nouveau sabre à cristaux verts depuis leur dernière rencontre. Il lui concède que sa formation est à présent presque achevée, mais que c'est l'Empereur Palpatine qui va la terminer. Luke tente de ramener son père à la raison, de le faire revenir du côté des forces du Bien, mais l'allégeance au Côté Obscur est irrémédiable selon le seigneur Noir...
Pendant ce temps, la flotte rebelle s'aperçoit à sa sortie d'hyperespace qu'elle est piégée, que le bouclier de l'Étoile est toujours actif et que la flotte impériale est finalement au rendez-vous leur coupant toute retraite. L'Empereur annonce à Luke qu'ils vont observer ensemble l'extinction des forces de l'Alliance et lui confie que le superlaser de la station est d'ores et déjà opérationnel : les premiers croiseurs rebelles sont désintégrés dans de lumineuses explosions. L'amiral Ackbar ne peut rien face à cette puissance de feu et ordonne à ses navires de s'approcher à portée des croiseurs impériaux, pour échapper aux tirs de l'Étoile. Sur la planète, Solo et ses acolytes se mesurent aux forces impériales terrestres. Dans les quartiers privés de l'Empereur, Luke confronte une nouvelle fois son père en duel, sous le regard amusé de Palpatine. Vador sent à travers la Force l'existence de sa fille. Il menace le jeune Jedi de s'en prendre à elle. Sous la colère, Luke brandit son sabre et tranche la main de son père. L'Empereur jubile et tente de faire basculer Luke une dernière fois dans le Côté Obscur, en lui demandant d'exécuter Vador de sang-froid. Luke refuse de s'abandonner à la haine pour servir le Mal. Le seigneur Sith décide alors de tuer le Jedi avec de puissants éclairs de Force. C'est alors qu'Anakin Skywalker, l'ancienne identité de Dark Vador, ressurgit. Voyant son fils se faire torturer par l'homme qui lui a volé sa propre vie, Anakin décide d'agir. Il soulève Palpatine avec ses dernières forces et, non sans être électrocuté à son tour, le jette dans le profond puits de la station.
L'Étoile en construction est ébranlée au même moment par les tirs du Faucon Millenium et va bientôt imploser. Luke et son père, gravement blessé, tentent de quitter la station. Anakin, grièvement blessé par les éclairs de Palpatine, demande à son fils de lui retirer son masque pour le voir une dernière fois avec ses propres yeux. Purgé de toute la haine qui le consumait depuis des années, il s'éteint en paix. Luke parvient à s'échapper à bord d'une navette alors que l'Étoile de la Mort est finalement détruite. De Coruscant à Naboo en passant par Mos Eisley et Bespin, toute la galaxie célèbre la fin de l'Empire galactique. Sur Endor, Luke se recueille devant le bûcher où brûle son père mort, selon la tradition Jedi. Après avoir rejoint sa s?ur Leia et leurs amis Han, Chewbacca, Lando, Wedge C-3P0, R2-D2 et l'ensemble des membres de l'Alliance; le jeune homme voit les esprits d'Obi-Wan, de Yoda et son père Anakin se matérialiser. Il peut à présent partager la joie de la victoire avec tous.