Alors que Jean-Louis Schlesser et son copilote Henri Magne sont en course, Daniel arrive derrière avec son taxi et essaie de les doubler. En effet, il doit transporter au plus vite une femme enceinte prise de violentes contractions. Après l'avoir dépassé, il arrive à la clinique, mais la femme est déjà en train d'accoucher et Daniel doit patienter sur place encore quelque temps. Pendant ce temps, Émilien, après avoir encastré la voiture de l'auto-école une nouvelle fois, obtient tout de même son permis de conduire, l'examinateur étant lassé de le voir échouer encore, encore et encore.
À la police de Marseille, le commissaire Gibert informe que le ministre de la Défense japonais, qu'il appelle le « Niak », sera accueilli à Marseille pour voir la protection anti-gang de la ville, avant d'aller à la capitale pour signer des contrats avec la France à l'Élysée, le lendemain du 14 juillet. Il organise une opération (appelée « Opération Ninja ») dans le but d'impressionner le ministre lors d'une escorte dans la ville, avec de fausses attaques.
Daniel rencontre les parents de Lily, le général Bertineau et sa femme. Il se fait passer pour un étudiant en médecine, pour cacher sa situation de chauffeur de taxi. En plein déjeuner, Bertineau se rend compte après un appel qu'il a oublié de se rendre à l'atterrissage du ministre de la défense. Cependant, sa voiture a un accident et il doit se rendre à l'aéroport de Marignane dans les 15 minutes. Daniel se dévoue donc pour l'amener dans les temps avec son taxi. Mais arrivés près de l'aéroport, l'avion est déjà en train d'atterrir : Daniel emprunte donc un raccourci et après avoir sauté les grillages avec son taxi modifié, il arrive sur le tarmac et amène le général accueillir le ministre sur place.
Cependant, des Yakuzas observent de loin la rencontre et mettent en place un plan pour kidnapper le ministre. Ils utilisent donc des outils de haute technologie pour écouter les conversations de la police et connaître le parcours du cortège. Ils se lancent donc avec leurs Mitsubishi Lancer Evolution 6.
Pendant le cocktail de bienvenue, Émilien va voir Daniel, car le général Bertineau l'invite. Daniel reçoit une faveur de ce dernier pour l'avoir amené à l'aéroport dans les temps. Pendant ce temps, l'Opération Ninja commence : Gibert essaie de faire boire le ministre pour qu'il soit moins réactif, et une voiture, la Cobra (qui est une Peugeot 605 modifiée et blindée) est présentée : c'est dans cette voiture que le ministre prendra place. Mais lors de la présentation, une erreur de manipulation fait gonfler tous les airbags et asphyxie le chauffeur. Bertineau conseille donc au ministre français de laisser la conduite à Daniel.
Daniel assume donc son rôle de chauffeur et suit l'opération à la lettre. Alors que les attaques bidons de la police suivent leur cours, et impressionnent le ministre japonais, les Yakuzas décident de passer à l'action : ils arrivent à piéger la voiture de ce dernier, découpent le toit et le kidnappent. Dans le même temps, Petra, qui était avec Émilien dans un bâtiment à proximité, est aussi capturée alors qu'elle était aux toilettes.
Émilien décide donc de poursuivre les Yakuzas, mais il n'y parvient pas. La police scientifique mettant trop de temps à agir, Émilien demande à Daniel son expertise : ayant reconnu les voitures, et grâce à l'odeur des traces de pneus, il pense que les Yakuzas auraient installé une base dans les ports. Une opération est alors organisée pour attraper les malfaiteurs, mais une nouvelle fois, l'opération est un échec, les Yakuzas étant déjà partis vers Paris. De plus, Gibert, à cause d'une erreur d'Émilien, se retrouve paralysé à la suite d'une chute.
Un agent de la police japonaise, garde du corps du ministre, informe Daniel et Émilien de la situation : les Yakuzas ont pour intention d'hypnotiser le ministre, et provoquer un attentat à Paris lors du défilé du 14 juillet pour provoquer un incident diplomatique et rompre tous les contrats pour au moins 10 ans. Daniel use donc de ses relations avec Pizza Joe (l'entreprise où il travaillait au début du premier film) pour connaître la planque des Yakuzas à Paris, et demande une nouvelle fois de l'aide à Bertineau pour les emmener à Paris avec un avion. Le taxi est parachuté dans les rues de la capitale.
Ils se rendent donc au repaire des Yakuzas pour sauver le ministre et Petra. Émilien décide d'utiliser l'oreillette que Petra avait mis lors de l'Opération Ninja, pour communiquer avec elle, et ainsi semer le trouble dans la séance d'hypnose. Émilien s'infiltre ensuite et parvient à libérer Petra, cette dernière et la garde du corps du ministre se débarrassant ensuite des malfrats avec des prises de karaté.
Une fois le ministre et Petra récupérés, le taxi est vite pourchassé par les trois Mitsubishi des Yakuzas dans les rues de Paris. Ne pouvant pas s'en débarrasser seul, Daniel décide d'abord de provoquer la police de Paris dans le but de gêner ceux-ci. Mais rapidement, les policiers sont pris au piège par les Japonais et provoquent un gigantesque carambolage, laissant de nouveau le taxi seul.
Daniel demande donc au général Bertineau d'user de ses relations militaires pour tendre un piège aux Yakuzas : des tanks doivent bloquer la sortie du tunnel à la porte Dauphine. Les militaires arrivent juste à temps, et Daniel parvient, avec les ailes de son taxi, à survoler les tanks, de la même manière qu'à l'aéroport de Marignane. Les Yakuzas sont pris au piège et sont arrêtés. Daniel se voit alors proposer un poste de chauffeur au Japon, mais il refuse. Aussi, devant déposer le ministre au niveau de la tribune présidentielle, le taxi se retrouve malgré lui dans le défilé militaire, à la grande surprise de Lily, du commissaire Gibert ou encore du président Chirac.