Le programme Treadstone dont Jason Bourne était le cobaye n'était que la partie émergée d'une vaste conspiration, mise en ?uvre par plusieurs branches du gouvernement et concernant plusieurs agences de renseignement, programmes militaires et laboratoires secrets.
De Treadstone est ensuite né Outcome, dont Aaron Cross est l'un des neuf agents. Plus que des tueurs, ce programme forme ces hommes à assumer des missions à haut risque en solo. Mais en dévoilant une partie de l'organisation, Jason Bourne laisse derrière lui un héritage explosif. Désormais tout est compromis, les agents d'Outcome doivent alors être supprimés, pour que le directeur du programme, le colonel Byer, puisse continuer ses activités.
Aaron Cross réussit à échapper à l'assassinat puis va être aidé par le docteur Shearing, une biochimiste du programme qui est également sur la liste des personnes à exécuter. Les agents Outcome suivent un traitement médicamenteux qui leur permet d'accroitre leurs capacités physiques et intellectuelles, mais qui ne peut pas être interrompu.
Ils se rendent à Manille, où se trouve un virus permettant de rendre définitifs les effets des médicaments. Leur trace est retrouvée, la police de Manille se met à les rechercher, et un tueur du programme LARX est envoyé. Une fois le virus injecté, Aaron devient malade, ils s'installent dans un hôtel. Le lendemain, la police et le tueur les trouvent, une course poursuite s'engage. La police perd leur trace, et le tueur a un grave accident. Ils quittent Manille en bateau, incognito.