Trente terroristes, avec à leur tête l'ancien agent de la CIA William « Bill » Strannix, envahissent le cuirassé américain USS Missouri alors que celui-ci fait son dernier voyage de Pearl Harbor vers la Californie où il doit être mis à la retraite. Neutralisant les soldats à bord du navire, les terroristes enferment l'équipage dans la cale avant du bateau, aidés secrètement par le Commandant en second du navire, le commandant Peter Krill. Les terroristes mettent ensuite en place un système pour s’emparer des missiles Tomahawk présents à bord du navire pour les revendre, les chargeant dans un sous-marin auparavant volé à la Corée du Nord.
La CIA ayant déjà tenté d'assassiner Strannix lors d'un évènement se déroulant avant l'histoire du film, lui et ses hommes sont sur leurs gardes et n’hésitent pas à utiliser le système d'armes du navire pour se défendre, abattant un avion à réaction qui était venu enquêter ainsi qu'un hélicoptère de l'équipe d'intervention des Navy SEAL. Ils planifient ensuite de couvrir leur fuite en utilisant quelques uns des missiles du bâtiment pour détruire le système de poursuite-radar de Pearl Harbor.
Mais, parmi l’équipage du Missouri, deux personnes ont réussi à se cacher : l'actrice Jordan Tate, une ancienne playmate (Miss Juillet 1989) engagée pour faire un striptease à bord du navire à l'occasion de la fête d’anniversaire du commandant, et Casey Ryback, le chef cuisinier du Missouri. Ryback est un ancien Navy SEAL rétrogradé pour avoir frappé un supérieur. Il parvient, grâce à ses compétences en armement, tactique, explosifs et en close combat, à se procurer des armes et entreprend de reprendre seul le contrôle du navire. Il élimine un à un les hommes de Strannix, malgré la gêne occasionnée par sa jeune acolyte inexpérimentée.