Les frères Mario, Mario et Luigi, sont deux plombiers italo-américains de Brooklyn. Ils se retrouvent transportés dans une autre dimension où ils doivent affronter le roi Koopa, dictateur d'un peuple constitué de dinosaures ayant évolué en humain. Koopa a kidnappé Daisy, jeune paléontologue, qui détient une pierre possédant un pouvoir mystérieux.