Il y a bien longtemps avant que la planète Krypton n'ait explosé, un trio de criminels sans merci, le général Zod, sa maîtresse Ursa et leur acolyte Non, ont tenté de voler un puissant cristal. Ayant échoué dans leur tentative et ayant été capturés par la police kryptonienne, Jor-El (le père du futur Superman) et les juges les condamnent à être emprisonnés dans la Zone Fantôme, une dimension de ténèbres fermée par une plaque transparente qui est envoyée errer dans l'espace.
Des années plus tard, Superman veille sur la planète Terre et la préserve de tous les dangers. Alors qu'il vient de sauver la Tour Eiffel de terroristes ayant placé une bombe nucléaire, il jette cette dernière dans l'espace. L'explosion brise la porte de la Zone Fantôme, et libère du coup les trois malfrats, qui, originaires de Krypton comme Superman, ont gagné des pouvoirs aussi puissants que les siens sous la lumière du Soleil. Ils décident d'aller dominer la Terre, tandis que Superman décide de faire un grand sacrifice pour l'amour de Lois Lane.
Lex Luthor s'enfuit de sa prison et amène les 3 criminels à sa Forteresse de la Solitude. Croyant annihiler les pouvoir de Superman, Lex active une machine qui rend humain les 3 kryptoniens. Entre temps, Loïs réussit à démasquer Superman (et donc de ce fait, Clark Kent !) ; par amour il perd ses pouvoir, puis les retrouve pour continuer sa mission de protecteur de la planète Terre, mais il lui fit tout oublier à l'aide d'un baiser....