Après qu'une ancienne trêve établie entre le genre humain et le royaume invisible des créatures fantastiques ait été rompue, l'Enfer sur Terre est prêt à émerger. Un chef impitoyable qui règne sur le royaume d'en-dessous, renie ses origines et réveille une menace sans précédent : une armée de créatures que personne ne peut arrêter. Maintenant, il est temps pour le super héros le plus indestructible et le plus cornu de la planète de combattre un dictateur sans pitié et ses légions. Il peut être rouge, il peut avoir des cornes, il peut être mal compris, mais si vous voulez que le travail soit bien fait, appelez Hellboy.
Avec ses partenaires du Bureau de Recherche et de Défense Paranormal (B.P.R.D.), sa petite amie pyrokinésique Liz, l'aquatique et empathique Abe Sapien et le mystique protoplasmique Johann, le B.P.R.D voyagera entre notre monde et celui où voguent les créatures que ne peuvent pas voir les humains, où les créatures du monde fantastique sont devenues réelles. Hellboy, créature appartenant aux deux mondes qui n'est accepté dans aucun, devra choisir entre la vie qu'il connaît et une destinée incertaine qui l'attend.
Au large des côtes d'une ville isolée du nord de la Californie, des lépreux voguent à la recherche d'un refuge à bord d'un bateau et sont trahis par les fondateurs de la ville, qui incendient le navire et condamnent toutes les personnes à bord à une mort atroce. Cent ans plus tard, les fantômes des marins émergent de l'épave pour exercer leur vengeance. Enveloppés d'un brouillard surnaturel, les revenants prennent au piège les résidants de la ville pour traquer les descentdants de ses fondateurs...
Né dans les flammes de l'Enfer, Hellboy est un demon a la peau rouge et au bras droit en pierre destiné à servir les forces infernales à des fins de conquête. Une fois libéré de ses créateurs par le docteur Broom, Hellboy (Ron Perlman) devient une machine à faire le Bien, ses principaux adversaires étant des vampires et des loups-garous. Entre temps, il tombera amoureux d'une jeune femme, Liz Sherman (Selma Blair), qui a le pouvoir de contrôler le feu par la pensée.