Peter Parker a enfin réussi à concilier son amour pour Mary-Jane et ses devoirs de super-héros. Mais l'horizon s'obscurcit. La brutale mutation de son costume, qui devient noir, décuple ses pouvoirs et transforme également sa personnalité pour laisser ressortir l'aspect sombre et vengeur que Peter s'efforce de contrôler.
Sous l'influence de son costume, Peter devient trop sûr de lui et commence à négliger ses proches. Contraint de choisir entre le pouvoir si séduisant de ce nouveau costume et la compassion qui le caractérisait avant, Peter va faire face à ses démons lorsqu'il affrontera deux des pires méchants de l'histoire, l'Homme-sable et Vénom, dont l'extraordinaire puissance et la soif de vengeance menacent Peter et tous ceux qui lui sont chers.
Ecartelé entre son identité secrète de Spider-Man et sa vie d'étudiant, Peter Parker n'a pas réussi à garder celle qu'il aime, Mary Jane, qui est aujourd'hui comédienne et fréquente quelqu'un d'autre. Guidé par son seul sens du devoir, Peter vit désormais chacun de ses pouvoirs à la fois comme un don et comme une malédiction. Par ailleurs, l'amitié entre Peter et Harry Osborn est elle aussi menacée. Harry rêve plus que jamais de se venger de Spider-Man, qu'il juge responsable de la mort de son père. La vie de Peter se complique encore lorsque surgit un nouvel ennemi : le redoutable Dr Otto Octavius. Cerné par les choix et les épreuves qui engagent aussi bien sa vie intime que l'avenir du monde, Peter doit affronter son destin et faire appel à tous ses pouvoirs afin de se battre sur tous les fronts...
Peter PARKER (Tobey MAGUIRE), un jeune adolescent brillant mais mal dans sa peau, n'arrive pas à se faire accepter des autres élèves. Il vit chez sa tante et son oncle et est très épris de sa voisine Mary Jane (Kirsten DUNST). Sa vie va être bouleversée lors d'une sortie scolaire dans un centre scientifique. Mordu par une araignée mutante, Peter se découvre d'étranges super-pouvoirs. Il se transforme alors en Spider-man et part en guerre contre...