Fini l'univers des ravissantes magical girl, ces jolies collégiennes possédant des pouvoirs magiques afin de sauvé notre belle planète. Ici les magical girl sont vêtues de noir et n'hésitent pas a tout démolir sur leur passage : bienvenu dans le sombre monde de Black ★ Rock Shooter.
Évoluant dans un univers sombre, remplis de damiers noirs et blancs, de chaines rouillées et de nuages noirs, notre jeune héroïne Black ★ Rock Shooter a pour terrible mission de tuer Dead Master. Le seul problème est que dans sa vie de collégienne, son ennemi se révèle être sa meilleur amie, qui sans cri égard, a disparu de notre monde.
A la veille de la guerre du Vietnam, une base américaine est infestée par d'étranges créatures démoniaques à l'apparence humaine. Une jeune fille répondant au nom de Saya est envoyée sur place par une organisation gouvernementale secrète dans le but de les éliminer. Pour mener à bien sa mission, elle adopte alors l'identité d'une écolière et intègre le collège de la base.
Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.