Fini l'univers des ravissantes magical girl, ces jolies collégiennes possédant des pouvoirs magiques afin de sauvé notre belle planète. Ici les magical girl sont vêtues de noir et n'hésitent pas a tout démolir sur leur passage : bienvenu dans le sombre monde de Black ★ Rock Shooter.
Évoluant dans un univers sombre, remplis de damiers noirs et blancs, de chaines rouillées et de nuages noirs, notre jeune héroïne Black ★ Rock Shooter a pour terrible mission de tuer Dead Master. Le seul problème est que dans sa vie de collégienne, son ennemi se révèle être sa meilleur amie, qui sans cri égard, a disparu de notre monde.