Toujours considérés comme des monstres par une société qui les rejette, les mutants sont une nouvelle fois au centre des débats alors qu'un crime effroyable commis par l'un d'eux relance la polémique autour de l'Acte d'Enregistrement des Mutants et le mouvement anti-mutants, dirigé par l'ancien militaire William Stryker.
Quand ce dernier lance une attaque contre l'école de mutants du Professeur Charles Xavier, les X-Men se préparent à une guerre sans merci pour leur survie, aidés de Magnéto, récemment évadé de sa cellule de plastique. Parallèlement, Wolverine enquête sur son mystérieux passé, auquel Stryker, dont on dit qu'il a mené de nombreuses expériences sur les mutants, ne serait pas étranger...
Après la mort de Boromir et la disparition de Gandalf, la Communauté s'est scindée en trois. Perdus dans les collines d'Emyn Muil, Frodon et Sam découvrent qu'ils sont suivis par Gollum, une créature versatile corrompue par l'Anneau. Celui-ci promet de conduire les Hobbits jusqu'à la Porte Noire du Mordor. A travers la Terre du Milieu, Aragorn, Legolas et Gimli font route vers le Rohan, le royaume assiégé de Theoden. Cet ancien grand roi, manipulé par l'espion de Saroumane, le sinistre Langue de Serpent, est désormais tombé sous la coupe du malfaisant Magicien. Eowyn, la nièce du Roi, reconnaît en Aragorn un meneur d'hommes. Entretemps, les Hobbits Merry et Pippin, prisonniers des Uruk-hai, se sont échappés et ont découvert dans la mystérieuse Forêt de Fangorn un allié inattendu : Sylvebarbe, gardien des arbres, représentant d'un ancien peuple végétal dont Saroumane a décimé la forêt...
Dans ce chapitre de la trilogie, le jeune et timide Hobbit, Frodon Sacquet, hérite d'un anneau. Bien loin d'être une simple babiole, il s'agit de l'Anneau Unique, un instrument de pouvoir absolu qui permettrait à Sauron, le Seigneur des ténèbres, de régner sur la Terre du Milieu et de réduire en esclavage ses peuples. À moins que Frodon, aidé d'une Compagnie constituée de Hobbits, d'Hommes, d'un Magicien, d'un Nain, et d'un Elfe, ne parvienne à emporter l'Anneau à travers la Terre du Milieu jusqu'à la Crevasse du Destin, lieu où il a été forgé, et à le détruire pour toujours. Un tel périple signifie s'aventurer très loin en Mordor, les terres du Seigneur des ténèbres, où est rassemblée son armée d'Orques maléfiques... La Compagnie doit non seulement combattre les forces extérieures du mal mais aussi les dissensions internes et l'influence corruptrice qu'exerce l'Anneau lui-même.
L'issue de l'histoire à venir est intimement liée au sort de la Compagnie.
1944, dans un camp de concentration. Séparé par la force de ses parents, le jeune Erik Magnus Lehnsherr se découvre d'étranges pouvoirs sous le coup de la colère : il peut contrôler les métaux. C'est un mutant. Soixante ans plus tard, l'existence des mutants est reconnue mais provoque toujours un vif émoi au sein de la population. Puissant télépathe, le professeur Charles Xavier dirige une école destinée à recueillir ces êtres différents, souvent rejetés par les humains, et accueille un nouveau venu solitaire au passé mystérieux : Logan, alias Wolverine. En compagnie de Cyclope, Tornade et Jean Grey, les deux hommes forment les X-Men et vont affronter les sombres mutants ralliés à la cause de Erik Lehnsherr / Magnéto, en guerre contre l'humanité.