Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIe siècle ou, grâce a un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.
Les quatre Tortues ninja parviennet à découvrir l'origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusesment, le terrible Shredder la découvre avant eux et l'utilise pour muter et décupler ses forces...