À New York, Annie est une jeune orpheline dynamique et débrouillarde qui a été confiée dès sa naissance à la sévère et mesquine miss Hannigan, après que ses parents l'ont abandonnée en promettant qu'ils reviendraient un jour la chercher. Mais la fillette voit sa vie bouleversée après sa rencontre avec Benjamin Stacks, un homme d'affaires implacable et candidat au poste de maire de la ville, qui la sauve d'un accident. Alors que son geste héroïque accroît la popularité de Stacks, Grace, sa brillante attachée de presse, et Guy, son directeur de campagne, le poussent à s'intéresser à la fillette. Le politicien décide de prendre Annie sous son aile afin de séduire les électeurs...

Après une soirée bien arrosée, un groupe d'amis est réveillé par d'étranges lumières dans le ciel. Ils découvrent avec horreur de gigantesques vaisseaux extraterrestres surplombant les métropoles du monde entier. De puissantes sources lumineuses semblent aspirer les hommes par milliers... La stupeur passée, la fuite et la résistance s'organisent. L'humanité est-elle condamnée à disparaître ?