Los Angeles est assiégée, la loi martiale est décrétée. Les explosions se multiplient dans Los Angeles. Des cendres et des gaz toxiques recouvrent la ville. Les autorités donnent l'ordre à chacun de se calfeutrer dans les maisons en attendant les secours...
Episode 1 : Un coupable intouchable : Le corps d'une très belle jeune femme est retrouvé à un carrefour. Tout porte à croire qu'elle a été heurtée par une voiture dont le conducteur a pris la fuite. Mais, pour les détectives, la victime a été assassinée...
Episode 2 : Des Millions sous les mers : Un chercheur de trésors sous-marins est retrouvé mort, assassiné sur son bateau. Les détectives infiltrent alors le sombre milieu des pirates de la mer...
Episode 3 : Le passe-muraille : Une jeune femme du nom de Peg Donovan est retrouvée gravement blessée et plongée dans le coma. Son agresseur l'a visiblement laissée pour morte. L'enquête mène Horatio dans une prison de Géorgie : il soupçonne en effet Mason Shaw, incarcéré depuis dix ans pour le viol de Peg, d'avoir commandité son meurtre.
Episode 4 : Dans les mailles du filet : Jeune prodige du tennis de 16 ans, Lana Walker a disparu. Horatio évoque plusieurs suspects quand l'affaire prend une tournure différente. Le bras d'un autre génie de la raquette est retrouvé dans le canal, apparemment sectionné par un alligator...
Episode 5 : Tirs groupés : Deux jeunes propriétaires d'un bar de la ville sont abattus. Tout porte à croire, dans un premier temps, qu'il s'agit d'un casse ayant mal tourné...
Episode 6 : Pluie d'ennuis : Miami est sur le point d'être frappée par l'ouragan Anthony. En retard pour évacuer, Todd Burton et sa femme Heather ont à peine pris la route que la pluie et le vent s'abattent. Soudain, le corps d'un homme heurte leur pare-brise... L'ouragan passé, l'équipe d'Horatio tente de déterminer les circonstances de l'accident et fouille les environs...
Episode 7 : Grand Prix : Lors du Grand Prix de Miami, un mécanicien de l'équipe «American Spirit» décède dans d'étranges circonstances. L'homme, qui procédait au ravitaillement des bolides, a été brûlé vif. Horatio et son équipe mènent l'enquête dans le monde sans pitié des courses de vitesse...
Episode 8 : Affaire classée : Horatio prend connaissance d'inquiétants détails sur le meurtrier de son frère, Ray, lorsqu'une femme lui présente l'enfant illégitime de celui-ci et le mari de cette dernière qui semble avoir un lien avec le crime. Pendant ce temps, un courtier en bourse trouve la mort, après avoir sollicité un rendez-vous avec une femme, via internet
Episode 9 : Romance en eaux troubles : Attaquée par un requin, une jeune femme travaillant pour une agence de détectives privés, décède peu de temps après l'accident. An pratiquant l'autopsie, Alex découvre que la défunte a été précédemment victime d'un coup de feu...
Episode 10 : Extrêmes limites : Le corps sans vie d'une jeune fille est retrouvé au pied d'un immeuble au petit matin. D'après son petit-ami, elle aurait été enlevée au cours d'un jeu de rôles extrême.
Episode 11 : Le Prix de la beauté : Un médecin est découvert pendu dans son appartement. Il s'avère que l'homme était anesthésiste dans une clinique de chirurgie esthétique. Or, la semaine précédent son décès, l'une de ses patientes a succombé au cours d'une opération de routine. Horatio et Yelina privilégient la thèse du meurtre plus que celle du suicide dans leur enquête sur la mort du praticien...
Episode 12 : L' Éclat du diamant : Un accrochage entre deux voitures se produit sur un parking. L'un des deux conducteurs est retrouvé mort, une balle dans la poitrine...
Episode 13 : Mauvais sang : Une nouvelle équipe d'experts ouvre le long des côtes de Miami en Floride, sous les ordres du chef d'équipe Horatio Caine...
Episode 14 : A L'épreuve du feu : Alex et Eric partent dans les Everglades : le corps d'un chasseur a été retrouvé dans le marais. Mais un incendie les oblige à se réfugier sous une bâche...
Episode 15 : Paparazzi : Jerry Dorfman, un célèbre photographe, roule au volant de sa Cadillac dans les faubourgs de Miami lorsqu'il est victime d'un accident qui lui coûte la vie. Dépêchés sur les lieux du drame, Horatio et son équipe interrogent le sergent Barron, premier à être arrivé sur place. Horatio soupçonne rapidement que la mort de Dorfman n'est pas fortuite...
Episode 16 : Intrusion : Un couple et leur fils s'apprêtent à regarder tranquillement un film lorsque surgissent deux hommes cagoulés. Ils saccagent leur maison, les frappent puis l'un des deux criminels emmène le père de famille dans le garage où il le tue. Quand Horatio arrive, le corps est introuvable. En fouillant la chambre de l'adolescent, celui-ci découvre des sachets d'héroïne...
Episode 17 : Les Convoyeurs : Pendant le détournement d'un camion blindé transportant plus de trois millions de dollars, Horatio abat l'un des deux malfaiteurs. L'autre parvient à s'enfuir avec le butin...
Episode 18 : Le Fan : Un homme blessé titube dans la rue : il est poursuivi par l'agresseur qui vient de le poignarder. Ce dernier le rattrape au milieu d'un parc et l'achève de plusieurs coups de couteau. Alors que Tim prélève différents échantillons de sang sur les lieux, un inconnu se faisant passer pour un membre de l'équipe vole un indice...
Episode 19 : Mort à la une : Josh Dalton, jeune et ambitieux journaliste au 'Miami Sun', retrouve son ami Mike Griffith, assistant d'un conseiller municipal de la ville. Les deux hommes se rendent dans le 'triangle d'or' de Miami, quartier de prédilection des dealers de drogue. Alors qu'ils se trouvent dans un immeuble désaffecté, un officier de police entend résonner des coups de feu. Mike a été abattu, mais Josh est sauf...
Episode 20 : Experts contre experts : Un sergent de police est retrouvé mort dans des circonstances suspectes : il n'était pas dans sa zone de patrouille et une prostituée est montée dans sa voiture. L'équipe prélève du sang et des cheveux à l'arrière du véhicule. L'inspection générale se penche sur cette sombre affaire en la personne de Rick Stetler.
Episode 21 : Trafic aérien : Un petit avion s'écrase sur une plage de Miami. L'équipe d'experts se rend sur les lieux du crash, qui a coûté la vie au pilote. Horatio y découvre des résidus de produits chimiques utilisés pour la fabrication de cocaïne. A première vue, il se pourrait bien qu'un complice de la victime ait saboté son appareil...
Episode 22 : Protection rapprochée : Des coups de feu retentissent lors d'un concert de rap. L'un des gardes du corps du chanteur est tué. Après avoir pensé que la cible était, en fait, le rappeur, Horatio et son équipe en déduisent bientôt qu'il n'y a pas eu erreur de victime...
Episode 23 : Poursuite à Manhattan : En rentrant chez elle, la fille d'un couple fortuné de Miami trouve ses parents assassinés. L'enquête d'Horatio Caine le mène à New York. Dès son arrivée, il doit collaborer avec ses collègues New-yorkais, dirigés par Mac Taylor. En effet, le principal suspect du meurtre de Miami est un officier de police qui vient d'être assassiné.
Episode 24 : Belle de nuit : Gina et Kyle découvrent le cadavre d'une actrice de films X : Ashley Anders. L'enquête se concentre sur Jeffers et Snowden, le riche producteur des films d'Ashley et son avocat, ainsi que sur Ned, un admirateur empressé mais inoffensif, vite disculpé.
Episode 1 : Plus dure sera la chute : Un jet privé appartenant à une compagnie d'assurance s'écrase à proximité de Miami dans les Everglades. Huit personnes auraient péri sur le coup. Chef de la section scientifique de la police, Horatio Caine demande à son équipe de réunir au plus vite tous les cadavres. Les premiers examens démontrent que le pilote a été tué par balle. Plus tard, les policiers retrouvent vivant un des passagers. Il s'agit du PDG de la société...
Episode 2 : Apparences trompeuses : Après que son mentor a perdu la vie en tentant de désamorcer une bombe, Horatio est déterminé à retrouver le coupable. Mais Megan doute de sa faculté à mener une enquête qui le touche de si près... L'équipe passe la zone au peigne fin et s'interroge. C'est alors qu'Horatio et Megan sont appelés à se rendre sur les lieux d'une autre alerte à la bombe...
Episode 3 : Le Prix de la liberté : Megan et Horatio découvrent une balle de revolver logée dans le torse d'un homme qui a été tué par un requin. Peu après, le corps d'un réfugié cubain est retrouvé sur un bateau à la dérive.
Episode 4 : Les Dessous de Miami : Après qu'un viol suivi d'un meurtre ait été commis sur la plage de Miami, Horatio et son équipe sont chargés de l'enquête. Le petit ami de la victime est interrogé : le couple avait assisté à une somptueuse réception au manoir des Hamilton, une richissime famille. Les indices accablent bientôt les Hamilton ...
Episode 5 : Le Diamant est éternel : Un prêtre est assassiné. Les soupçons des enquêteurs se portent rapidement sur Cameron Medina, un jeune garçon de douze ans, présent sur les lieux au moment du drame...
Episode 6 : Le Jouet cassé : Une fillette, âgée de cinq ans, est découverte assassinée dans les toilettes d'un parc d'attractions. L'équipe, qui subodore l'uvre d'un tueur en série, se mobilise pour le retrouver avant qu'il ne commette un autre crime...
Episode 7 : A Bout de souffle : Horatio et son équipe enquêtent sur la mort de Noel, un étudiant qui payait ses études en faisant du strip-tease. Le décès est intervenu au cours d'une «fête amazone», partie fine réservée exclusivement aux femmes. Horatio soupçonne un empoisonnement mais il peine à trouver le venin. L'autopsie est formelle : le jeune est décédé de mort naturelle... Parallèlement, Megan et Eric enquêtent sur la mort suspecte d'un plongeur, poignardé dans les eaux profondes...
Episode 8 : La Maison de l'horreur : Une mère de famille, son nouveau-né et deux de ses fils ont été massacrés à leur domicile. Seuls le père et un autre enfant ont survécu au carnage. Horatio et son équipe commencent par analyser le sang retrouvé sur les vêtements du jeune rescapé...
Episode 9 : Tireur isolé : Trois personnes sont tuées dans le centre de Miami à l'heure de pointe. Horatio et son équipe se lancent sur les traces de l'assassin, qui a abattu ses victimes d'une balle entre les yeux. Horatio penche pour l'acte d'un tireur isolé. Peu après, une quatrième personne est exécutée de la même manière...
Episode 10 : Leçon de haine : Un universitaire a été pendu à un arbre après avoir été longuement torturé. La victime donnait des cours sur la violence à travers les siècles et usait de méthodes d'enseignement peu conventionnelles. L'équipe pense que le professeur a été éliminé par l'un de ses élèves...
Episode 11 : La Mort au bout du fil : Le corps d'une jeune femme non identifiée est retrouvé près d'un centre de réinsertion. Horatio et son équipe se rendent sur les lieux du crime...
Episode 12 : Une Empreinte de trop : Une prostituée est découverte morte poignardée, sous le lit d'une chambre d'hôtel. Les premiers résultats de l'enquête laissent apparaître que le tueur a tenté de nettoyer la scène du crime et a lavé le corps de la victime dans la baignoire...
Episode 13 : Vapeurs stupéfiantes : L'équipe enquête sur la fabrication de drogues mortelles et sur la mort d'une femme dans une maison pour personnes âgées
Episode 14 : Oeil pour oeil : Un homme nu est trouvé mort dans son lit. Il semble qu'il n'ait pas supporté les multiples violences sexuelles dont il fut l'objet. L'équipe, en quête d'indices, se met à étudier avec précision le corps de la victime...
Episode 15 : Une Affaire empoisonnée : Un homme est découvert mort dans la rue. Pendant le transport du corps à l'institut médico-légal, Alex note la présence de profondes brûlures sur la main droite de la victime. Il pense que le défunt a manipulé une source radioactive...
Episode 16 : Chaud et froid : L'équipe enquête sur la mort d'un Russe, poignardé à mort. Le seul témoin du crime était une stripteaseuse qui travaillait pour lui...
Episode 17 : Quitte ou double : Horatio est appelé à témoigner dans une affaire de meurtre. Le suspect est le mari d'un membre du conseil municipal...
Episode 18 : Les Experts à la loupe : Une affaire de drogue se retourne contre les détectives chargés de l'enquête. Ces derniers sont, en effet, accusés d'être à l'origine du cas qu'ils doivent résoudre...
Episode 19 : Dangereuse collaboration : Le corps d'une femme est découvert au bord de la piscine d'un hôtel. Elle a été abattue de deux balles en pleine tête. Horatio pense que le criminel est un tueur à gages...
Episode 20 : Dernière cartouche : Un ancien escroc que Horatio avait fait envoyé en prison vient réclamer de l'aide suite à la disparition de son fils. En fouillant dans la chambre du garçon, les policiers trouvent de la marijuana et des munitions dans la cour arrière. Après avoir retrouvé le corps d'un autre jeune dans le cimetière, Horatio et son équipe entament une course contre la montre afin de retrouver le disparu en vie... Parallèlement, Speedle enquête sur la mort d'un homme, survenue par asphyxie. La petite amie de ce dernier, qui était présente au moment du drame, tente de faire diversion en draguant Speedle.
Episode 21 : Le Grain de sable : Un prisonnier, en liberté conditionnelle, vient demander de l'aide à Horatio : son fils a disparu depuis trois jours. En fouillant sa chambre, Horatio et Eric découvrent qu'il fumait de la marijuana et qu'il tirait des coups de feu sur l'arbre du jardin.
Episode 22 : Soirée torride : Un incendie ravage une boîte de nuit branchée et fait seize morts ainsi que des centaines de blessés...
Episode 23 : Si loin, si proche : Après avoir retrouvé le cadavre d'un homme dans une vieille grange, Horatio et son équipe échappent de peu à une mort atroce lorsque le vieux bâtiment est détruit par une explosion. Horatio en fait une affaire personnelle lorsqu'il découvre que le principal suspect a bien connu son frère, lequel est décédé... Alex est choqué d'apprendre que le mari de sa meilleure amie vient de mourir, victime d'une balle perdue
Episode 24 : Les fugitifs : Un détenu est retrouvé poignardé dans l'immense prison de Miami. Alors qu'Horatio vient d'arriver sur les lieux du drame, une spectaculaire évasion par hélicoptère se produit sous ses yeux. Trois prisonniers, dont deux assassins sans pitié et un autre reconnu coupable d'attentat à la pudeur sur des enfants, réussissent à sauter dans l'appareil et à fuir. Les détectives Calleigh et Horatio, épaulés par toutes les forces de police de Miami, mettent tout en oeuvre pour arrêter les criminels...