PHILOSOPHY OF A KNIFE recrée un pan des plus sombres de l'histoire contemporaine : les expériences menées sur cobayes humains par l'armée japonaise dans le camp 731 en Chine entre 1937 (début de la guerre de Mandchourie) et 1945. Conscient de son infériorité numérique par rapport à ses ennemis d'alors, le Japon décide de mettre pleinement la recherche scientifique au service de l'effort de guerre. L'unité 731 est donc construite pour y tester sur des prisonniers tout l'arsenal alors en développement de l'horreur humaine : infections bactériologiques, chimiques, radiations, résistances aux températures extrêmes, « analyse » de la douleur...
Le « hitman », le tueur travaille pour le gouvernement au sein d'une élite veillant à ce que les règles morales et politiques du président soient respectées. Après une nouvelle mission, il rentre chez lui et commence à être assailli par des visions. Pour s'en débarrasser, il se martèle des clous dans la cervelle. A son réveil, il semble capable de voir derrière la façade de la réalité. Ses remèdes deviennent de plus en plus extrêmes.