Depuis son accession au pouvoir dans Le Roi Scorpion, Mathayus a vu son royaume renversé et sa reine emportée par la maladie. Il est aujourd'hui un assassin réputé, engagé pour une nouvelle mission : défendre un empire contre les attaques d'un tyran maléfique et de ses guerriers fantômes, pour libérer la princesse Silda et s'emparer d'un mystérieux collier.
La presse se fait écho de la réapparition d'une page manquante du journal de John Wilkes Booth, l'assassin d'Abraham Lincoln. Cette page contient des informations qui associent l'arrière-arrière-grand-père de Benjamin Gates à cet assassinat lui donnant même un rôle clé. Ben entame alors une quête pour disculper son aïeul. Elle l'emmène à Paris, à Londres et de retour aux États-Unis pour chercher un mystérieux livre qui contiendrait tous les secrets de notre monde transmis depuis la Guerre de Sécession à chacun des présidents américains.
Il y a deux mille ans, l'empereur Qin Shi Huangdi régnait en tyran sur la Chine ancienne. Il se servait de ses ennemis pour construire la Grande Muraille et puis lorsqu'ils mourraient ou ne servaient plus à rien, l'empereur les jetait dans les fondations de sa muraille. Qin Shi Huangdi avait de grandes ambitions, mais il se rendit compte qu'une vie n'était pas assez pour toutes les réaliser. Alors il demanda à son plus vieil ami, le général Ming Guo, de partir à la recherche d'une magicienne du nom de Zi Yuan, qui saurait où se trouve le secret de la vie éternelle. Lorsqu'ils se rencontrèrent, Ming Guo et Zi Yuan tombèrent amoureux. Cependant, l'empereur envoya des espions épier Ming. Durant leur quête, Ming et Zi Yuan, trouvèrent les Os de l'Oracle, sur lesquels étaient gravés des glyphes chinois de la connaissance mystique de la nuit des temps. Lorsqu'ils reviennent au palais, Qin Shi Huangdi fait exécuter Ming par jalousie et ordonne à Zi Yuan de le rendre immortel. Au lieu de cela, la sorcière le maudit, le transformant, lui, ainsi que toute son armée, en statues de terre cuite. Ils furent placés dans une immense tombe.
Vingt siècles plus tard, Alex O'Connell, un jeune archéologue, tente de retrouver la tombe de l'empereur. Lorsqu'il réussit enfin à la trouver, il rapporte les restes de l'empereur à Shanghai. Pendant ce temps, ses parents Rick et Evelyn O'Connell, désormais renommés pour leur bravoure et leur expérience des dangers exotiques, doivent transporter l'?il de Shangri-La en sûreté jusqu'à Shanghai également, où ils doivent rencontrer leur fils pour sa découverte. Mais lors de cette soirée, l'empereur est ramené à la vie par l'?il de Shangri-La, qui est en fait une partie de la fontaine de la Vie Éternelle.
Pour empêcher l'empereur de devenir immortel et d'élever son armée, les O'Connell devront se rendre depuis l'Himalaya jusqu'à la tombe de l'empereur. Ils devront faire face à un général cruel, à un dragon cracheur de feu à trois têtes ainsi qu'à six mille guerriers de terre cuite
Benjamin Gates dit Ben suit les traces de la famille Gates, en voulant mettre la main sur le fameux trésor des Templiers, d'une valeur incommensurable, qui aurait été caché par les Francs-Maçons durant la guerre d'indépendance des États-Unis d'Amérique. Toutefois cette quête n'est pas une mince affaire car on ne peut atteindre le trésor qu'en suivant un indice aboutissant généralement lui aussi à un autre indice.
C'est ainsi qu'un beau jour, Ben et son équipe découvrent sur un bateau en Arctique, la Charlotte, un indice qui lui laisse penser que le prochain sera présent au dos de la Déclaration d'indépendance des États-Unis. À la suite d'une trahison de plusieurs de ses équipiers, il décide de la voler (avec l'aide de son meilleur ami Riley) dans le but de la protéger et de savoir si le nouvel indice est bien là où il pense qu'il est. S'ensuit une course aux indices, avec à ses trousses le FBI ainsi que les anciens équipiers de Gates qui souhaitent lui mettre la main dessus.
De son père archéologue, Lara Croft a hérité la passion des trésors enfouis. Au large de l'île grecque de Santorin, dans les profondeurs marines, elle est parvenue jusqu'au temple de la Lune, jadis construit par Alexandre le Grand. Bien plus que son intérêt pour les vieilles pierres, c'est une orbe, dissimulée dans la statue du conquérant qui motive la curiosité de l'aventurière. En effet, celle-ci s'avère être la carte menant à une redoutable relique, la boîte de Pandore.
Lara Croft, une aventurière, hérite d'une mystérieuse horloge de son père, un grand archéologue. Celle-ci pourrait être l'horloge recherchée par une organisation secrète, les Illuminati, et contiendrait un artefact qui aurait le fabuleux pouvoir de contrôler le temps et l'espace...
Cinq mille ans avant notre ère, le Roi Scorpion (The Rock), fit un pacte avec le dieu Anubis, qui l'aida à vaincre ses ennemis, à l'aide d'un bracelet, en échange de son âme. Il reçoit alors le commandement de la terrible armée d'Anubis. Mais une fois sa partie du pacte accompli, Anubis obligea le Roi Scorpion à le servir pour l'éternité.
Neuf ans se sont écoulés depuis que Rick O'Connell (Brendan Fraser) et Evelyn (Rachel Weisz) ont fait la terrible rencontre avec Imhotep (Arnold Vosloo), la momie ressuscitée. Ils mènent leur vie dans un manoir à Londres avec Alex, leur fils âgé de 8 ans, lui aussi fasciné par l'Égypte ancienne et qui participe activement aux recherches archéologiques de ses parents.
Ils se rendent en Egypte, où ils trouvent le bracelet du Roi Scorpion qu'ils rapportent chez eux. Mais Alex veut l'essayer, et le bracelet s'accroche à son bras.
Une nouvelle tempête se prépare dans les profondeurs du désert saharien, dans l'oasis perdue d'Am shere.
Une secte mystérieuse et avide de pouvoir, menée par le conservateur du British museum et la séduisante Anck-su-namun réincarnée, ramène à la vie la seule créature capable de vaincre le Roi Scorpion : le grand prêtre Imhotep, condamné depuis trois mille ans à errer comme un mort-vivant pour avoir séduit la maîtresse du Pharaon Séthi Ier et dont la momie a été ramenée secrètement au British Museum. Imhotep convoite le bracelet détenu par les O'Connell, bracelet qui lui permettra de trouver l'oasis secrète où repose le Roi Scorpion et de libérer l'armée d'Anubis. Pour ce faire, il kidnappe Alex et commence une formidable odyssée qui les mène de Karnak à Am shere en passant par Abou simbel et Philae. La famille O'Connell les suit dans un dirigeable guidé par un ami de Rick. Imhotep veut tuer le roi scorpion, ce qui lui permettrait de prendre le pouvoir sur l'armée d'Anubis. Ardeth Bay (Oded Fehr), chef des Medjaï, implore O'Connell d'intervenir pour empêcher cet acte aux conséquences désastreuses.
En 1290 avant Jésus-Christ, le grand prêtre Imhotep a une liaison amoureuse avec Ankhsunamon, la femme du pharaon Séti Ier. Et lors d'une rencontre entre les deux amants, ils sont surpris par le pharaon qu'ils assassinent. Puis arrivent les gardes de Séti Ier, Ankhsunamon se suicide et le grand prêtre s'enfuit pour pouvoir la faire revenir d'entre les morts. Imhotep vole son cadavre et l'emmène à Hamunaptra où il commence un rituel de résurrection. Capturé par les soldats du pharaon avant la fin de la cérémonie, il est condamné au Om-daï c'est-à-dire être enfermé vivant dans un sarcophage avec des scarabées mangeurs de chair qui le dévorent vivant.
En 1926, une bibliothécaire, Evelyn (Evy) Carnahan, et son frère, Jonathan (Jon), s'allient avec un homme nommé Rick O'Connell qui prétend connaître l'emplacement secret de Hamunaptra. Le groupe rivalise avec une bande de chasseurs de trésors américains conduits par un égyptologue du nom d'Allen Chamberlen. Ces derniers sont guidés par Beni Gabor, un ancien ami de Rick.
Les deux groupes atteignent Hamunaptra en même temps. Ils sont attaqués par les Medjai, descendants des gardes de pharaon qui, depuis trois mille ans, défendent l'emplacement de la nécropole maudite. Les Américains trouvent un coffret surmonté d'une malédiction, qui contient le Livre des Morts et des vases canopes. Sur le coffret il est écrit que la créature viendra aspirer fluide et organes de ceux qui l'ouvriront. Pendant ce temps-là, Rick, Evy et Jon trouvent sous la statue d'Anubis une momie qui se trouve être celle d'Imhotep.
La nuit suivante, Evelyn récite une formule du Livre des Morts, ce qui réveille Imhotep. Celui-ci tue les trois américains et l'égyptologue qui ont ouvert le coffret, ce qui lui permet de se régénérer petit à petit. Il poursuit le reste de l'expédition jusqu'au Caire, puis enlève Evelyn car il en a besoin pour ressusciter son ancienne maîtresse. Rick et Jonathan retournent à Hamunaptra avec l'aide du medjai Ardeth et sauvent Evelyn avant l'issue fatale. Ils tuent Imhotep et rentrent chez eux, une idylle s'étant développée entre Rick et Evy.
En 1821, l'armée mexicaine est sur le point de libérer Mexico du colonialisme espagnol. Vers Las Californias, le cruel gouverneur espagnol Don Rafael Montero est sur le point d'être renversé. Dans un dernier effort pour capturer son ennemi juré, l'épéiste masqué Zorro (Anthony Hopkins), Montero prépare l'exécution de trois innocents. Avec l'assistance de deux frères orphelins, Joaquin et Alejandro Murrieta, Zorro libère les prisonniers. Il récompense les frères Murrieta en leur donnant un médaillon lui appartenant et s'échappe sur son cheval, Tornado, après avoir marqué d'un Z le cou de Montero avec son épée.
Cependant, la nuit suivante, Montero arrive à la maison de Zorro, ayant déduit que la réelle identité de Zorro est Don Diego de la Vega, un noble espagnol marié à Esperanza, la femme que Montero a toujours désirée. En essayant d'arrêter Diego, un combat s'ensuit durant lequel Esperanza est tuée en tentant de protéger Diego. La maison de Diego est brulée et sa fille, Elena est ramenée en Espagne par Montero pour être élevée comme sa propre fille alors que Diego est jeté en prison.
Vingt ans plus tard, Montero retourne secrètement en Californie, cherchant à voir Diego dans sa prison. Bien que Diego soit là, Montero ne le reconnaît pas. Diego s'échappe un peu plus tard, avec l'intention de tuer Montero le jour suivant lors de la cérémonie publique en l'honneur de son retour. Cependant, Diego se retient lorsqu'il aperçoit Elena (Catherine Zeta-Jones), devenue très belle. Elena se voit offrir un bouquet de fleurs locales, des Romagnas, dont elle reconnaît l'odeur, même si elle croit à tort n'être jamais venue en Californie.
Diego rencontre Alejandro Murrieta (Antonio Banderas) devenu adulte, qu'il reconnaît à la médaille qu'il avait offerte à Joaquin. Devenu un bandit alcoolique, Alejandro ne s'est pas remis du meurtre récent de son frère par le sadique capitaine de l'armée mexicaine Harrison Love, le commandant en chef de Montero. Diego recrute et entraîne Alejandro pour en faire son successeur.
Après son entraînement, Alejandro reprend le costume de Diego mais aussi Tornado, le cheval de Zorro. Il fait la rencontre furtive d'Elena. Cherchant à échapper au Capitaine Love, Alejandro cherche refuge dans une église, avec l'assistance du prêtre Père Felipe, un vieil ami de Zorro. Alejandro se cache dans le confessionnal où Elena révèle, croyant parler au prêtre, son engouement pour le mystérieux bandit qu'elle vient de rencontrer.
À son retour, Diego réprimande Alejandro, affirmant que Zorro est un serviteur du peuple et non un voleur et un aventurier. Diego explique à Alejandro qu'afin de gagner la confiance de Montero, il doit passer pour un gentleman de grande stature. En jouant le rôle d'un noble, avec Diego pour servant, Alejandro participe à une fête dans l'hacienda de Montero, où il gagne rapidement l'admiration d'Elena et la confiance de Montero qui l'invite à une réunion secrète. Dans cette réunion, il fait part de ses plans de reprendre la totalité de la Californie avec les Dons en l'achetant à son héros, le général Antonio López de Santa Anna.
Le jour suivant, Alejandro et les Dons sont emmenés par Montero à une mine d'or secrète connue comme l'El Dorado, où les paysans et les petits criminels sont utilisés comme travailleurs forcés. Montero révèle qu'il compte acheter la Californie à Santa Anna en utilisant de l'or extrait de sa propre mine. Pendant ce temps, Diego profite de cette opportunité pour se rapprocher d'Elena, en se faisant passer pour le serviteur Bernardo (un hommage au nom de l'associé muet de Zorro dans la série originale), apprenant que Montero a dit à Elena que sa mère est morte en couche. Plus tard, Elena fait la rencontre d'une femme qui a été sa nourrice et avait l'habitude d'accrocher des romagnas sur son lit d'enfant.
Diego autorise Alejandro, sous l'identité de Zorro, à voler la carte de la mine d'or dans l'hacienda de Montero. Après un duel avec Montero, le Capitaine Love et leurs gardes, il s'enfuit vers l'étable et est confronté à Elena qui cherche à récupérer la carte appartenant à son « père ». Alors qu'Elena montre une bonne habileté à l'épée, Zorro arrive à la vaincre et coupe son corsage avec son épée, la laissant en sous-vêtements. Après un baiser passionné, Zorro s'enfuit de l'étable et se débarrasse de ses poursuivants. Pendant ce temps, terrifiés par la réponse de Santa Anna s'il découvre qu'il est payé par son propre or, Montero et le Capitaine Love décident de détruire la mine et de tuer ses travailleurs, afin d'éliminer toute preuve. Le jour suivant, ils enferment les travailleurs dans leurs quartiers et préparent des charges explosives.
Zorro utilise la carte volée pour localiser la mine afin de libérer les travailleurs. Diego dit à Zorro de faire le travail seul afin qu'il puisse affronter Montero et récupérer sa fille Elena. Alejandro part pour la mine, se sentant trahit par la vendetta personnelle de Diego. Plus tard dans la nuit, Diego affronte Montero et lui demande de révéler sa véritable identité à Elena. Il est cependant fait prisonnier trop vite par Montero qui le menace de le tuer devant sa fille. Alors que les gardes l'escortent, Diego dit à Elena le nom des fleurs qu'elle a reconnu à son arrivée en Californie, la faisant réaliser qu'il est son vrai père. Elle libère Diego de sa cellule et ils vont à la mine.
Là-bas, Zorro empêche Love de charger l'or dans un wagon et le provoque en duel à mort. Diego empêche Montero de tirer sur Zorro et se bat en duel avec lui. Après avoir désarmé Montero, Elena lui demande d'épargner la vie de Montero. Montero en profite pour menacer Elena et blesser Diego. Zorro vainc Love à l'issue d'un long combat à l'épée. Diego, mortellement blessé, arrive également à vaincre Montero en faisant tomber un wagon plein d'or sur celui-ci, écrasant également Love par la même occasion. Elena et Alejandro, maintenant sans son masque, libèrent les travailleurs captifs avant que la mine n'explose.
Avant de mourir dans leurs bras, Diego fait la paix avec Alejandro, en lui offrant le manteau de Zorro et en lui donnant sa bénédiction pour son mariage avec Elena. Dans l'épilogue du film, Alejandro et Elena se sont mariés et ont reconstruit la maison de la Vega. Ils ont eu un fils, nommé Joaquin, en l'honneur du frère d'Alejandro.
Utah, 1912. Le jeune Indiana Jones fait partie d'une troupe de scouts quand il surprend des pilleurs de tombes dans une grotte. Il leur dérobe un objet précieux, la croix de Coronado, et leur échappe après une longue poursuite mais il se voit contraint de la leur restituer un peu plus tard.
Côtes portugaises, 1938. Indiana Jones récupère in extremis la croix de Coronado qui lui a échappée 26 ans plus tôt, et rentre aux États-Unis. Dans un monde à la veille de la Seconde Guerre mondiale, les Nazis se lancent en quête du Saint Graal. Face à eux, un éminent médiéviste, Henry Jones (Sean Connery), qui poursuit la quête de sa vie à la recherche de cet objet légendaire. Quand son père disparaît à Venise, Indiana Jones (Harrison Ford), renseigné par Walter Donovan, se lance sur ses traces pour le retrouver après avoir reçu le journal de la quête de son père. Il rencontre à Venise une charmante archéologue autrichienne, Elsa Schneider, qui collaborait avec son père avant sa disparition. Tous les deux découvrent sous une bibliothèque des catacombes inexplorées des chevaliers du Graal et une tombe avec une inscription donnant des indices sur l'emplacement du Graal. Ils sont bientôt pris en chasse par des membres de la confrérie de l'épée cruciforme, gardiens de ce secret qui craignent un éventuel sacrilège. Après avoir capturé un de ses membres et l'avoir persuadé de ses bonnes intentions, Indiana apprend de lui que son père est en réalité séquestré par des Allemands dans un château autrichien.
Le Khazneh, à Pétra (Jordanie), a servi de décor pour la scène finale du film.
Indiana s'infiltre dans le château et parvient à libérer son père, mais ils sont immédiatement repris. Indiana découvre qu'il a été piégé par Elsa et Donovan, qui travaillent pour les nazis. Les Jones réussissent à s'échapper à nouveau et récupèrent à Berlin le journal qu'Elsa leur avait pris. Ils quittent l'Allemagne en avion après une poursuite mouvementée et se rendent au Moyen-Orient, sur les traces du Saint Graal. Ils apprennent de Sallah, un vieil ami d'Indiana, que Marcus Brody, conservateur de musée à qui Indiana avait confié les indices recueillis, a été enlevé par les nazis. Avec l'aide de la confrérie de l'épée cruciforme, les Jones et Sallah délivrent Brody tandis que Donovan et Elsa les devancent jusqu'au temple caché abritant le Graal.
Les Jones sont à nouveau capturés et Donovan tire une balle dans le ventre d'Henry pour qu'Indiana passe pour lui les épreuves qui conduisent au Graal, boire à sa coupe étant désormais pour son père le seul moyen de survivre. Indiana réussit ces épreuves et arrive jusqu'au Graal, suivi par Elsa et Donovan. Le Graal se trouve parmi des dizaines d'autres coupes et quand Elsa désigne l'une d'entre elles à Donovan, celui-ci y boit. Mais ce n'est pas la bonne coupe et Donovan se décrépit et tombe en poussière. Indiana choisit la plus modeste de toutes les coupes et c'est en effet la bonne. Il rapporte le Graal et guérit la blessure de son père. Le dernier chevalier du Graal les avertit que la coupe ne doit pas être emportée en dehors du temple mais Elsa désobéit et provoque ainsi un tremblement de terre. Elsa meurt en tentant d'attraper le Graal tombé dans une fissure. Indiana essaie à son tour mais son père le persuade de le laisser où il est. Les Jones, Brody et Sallah quittent le temple avant l'effondrement total de celui-ci.
Shanghai, 1935 : Indiana Jones arrive dans un bar appartenant à un gangster chinois, Lao Che. Il doit récupérer un diamant et l'échanger contre les cendres de Nurhachi, un empereur chinois. Mais l'échange tourne à la fusillade et Indiana, emportant avec lui Willie Scott, une meneuse de revue qui s'intéressait à la pierre, parvient à quitter la Chine avec l'aide de Demi-Lune, un petit garçon chinois de 11 ans débrouillard, à bord d'un avion. Mais l'avion appartient à Lao Che et les pilotes, après avoir vidé les réservoirs, sautent en parachute. Utilisant un canoé de sauvetage pour amortir leur chute, Indiana, Willie et Demi-Lune sautent de l'avion et parviennent à fuir.
Ils apprennent qu'ils sont en Inde et arrivent dans un village dont tous les enfants ont été enlevés en même temps que la pierre sacrée que détenaient les indigènes. Indiana accepte d'aider les villageois et part pour le palais de Pankot, qui est d'après les villageois la source du mal. Indiana pense que la pierre sacrée pourrait être l'une des cinq pierres de Sankara, dont la possession garantit fortune et gloire. Le trio est bien accueilli par l'enfant maharadjah et Chattar Lal, son premier ministre, mais, au cours du banquet, les questions d'Indiana sur le sort des enfants et le fait que la secte des Thugs pourrait y être mêlée sont éludées. Durant la nuit, Indiana échappe à une tentative d'assassinat et, accompagné de Willie et de Demi-lune, s'engage dans des passages secrets sous le palais.
Le trio arrive jusqu'à un temple souterrain où des Thugs dirigés par leur grand prêtre Mola Ram procèdent à un sacrifice humain en l'honneur de la déesse Kâlî. Mola Ram possède déjà trois des pierres de Sankara et a réduit des dizaines d'enfants en esclavage afin qu'ils creusent dans les mines pour trouver les deux restantes. Indiana et ses amis sont découverts et capturés. Indiana est forcé de boire une potion qui le fait obéir aveuglément à Mola Ram, tandis que Demi-lune est emmené à la mine et que Willie doit être sacrifiée. Mais Demi-lune s'échappe rapidement et arrive à sortir Indiana de son état hypnotique en le brûlant. Il fait ensuite de même avec le jeune maharadjah qui était lui aussi hypnotisé. Indiana et Demi-lune sauvent ensuite Willie, récupèrent les trois pierres et libèrent les enfants.
Ils partent ensuite à la poursuite de Mola Ram à bord d'un wagonnet de mine et débouchent enfin à l'air libre. Alors qu'ils traversent un pont de singe, ils sont encerclés par les Thugs. Alors que Mola Ram et ses hommes approchent d'eux, Indiana dit alors à ses amis de s'accrocher solidement et coupe les cordes, projetant plusieurs Thugs dans le fleuve infesté de crocodiles. À l'issue d'un combat entre Indiana et Mola Ram, ce dernier tombe également dans le fleuve et est dévoré. Les Thugs restants sont mis en déroute par l'arrivée des troupes du capitaine Blumburtt envoyées par le maharadjah. Indiana, Willie et Demi-lune retournent au village avec la pierre sacrée et les enfants.
Pérou, 1936. Le professeur Henry Walton Jones Jr (dit « Indiana », ou « Indy »), éminent archéologue et expert en occulte, est sur le point de mettre la main sur une idole Chachapoyan. Après avoir échappé à une série de pièges mortels dans un ancien temple, il se fait dérober la relique de façon déloyale par son principal concurrent, le Français René Belloq, qui manipule les guerriers Hovitos. Indy parvient à semer les indiens à bord d'un hydravion et rentre bredouille aux États-Unis.
Connecticut. De retour de son voyage, Jones est mandaté par des agents des services secrets américains cherchant à décrypter un câble des partisans du IIIe Reich. Les nazis semblent être sur les traces de l'Arche d'alliance, contenant les Tables de la Loi, sur le site de Tanis en Égypte. L'Arche étant censée conférer le pouvoir de mener n'importe quelle armée à la victoire, elle ne doit en aucun cas tomber entre les mains d'Adolf Hitler. Dans leurs quêtes de pouvoir occulte, les nazis recherchent Abner Ravenwood, ancien mentor de Jones et expert sur la question. Ravenwood possède le Médaillon de Râ, un artefact permettant selon la légende de localiser précisément la relique sainte dans le « Puits des âmes ».
Indiana Jones s'envole pour le Népal pour retrouver Ravenwood, auquel il n'a plus parlé depuis des années. Il apprend de Marion, la fille de son mentor et ancien amour au caractère bien trempé, que le vieil homme est décédé. Marion possède le médaillon tant convoité qu'Indy propose d'acheter 3 000 dollars, plus 2 000 pour lui permettre de rentrer aux États-Unis. Marion accepte la vente mais la taverne est prise d'assaut par des brigands menés par l'officier de la Gestapo Arnold Toht. Au cours de l'altercation, l'établissement prend feu et Toht se brûle la main en voulant s'emparer du médaillon. Indy et Marion s'échappent avec l'artefact et partent pour l'Égypte.
Arrivés au Caire, le couple retrouve Sallah, figure emblématique de la ville et vieil ami de Jones. Ce dernier renseigne Indy que le français Belloq s'est allié aux nazis, sous les ordres du colonel Dietrich, pour fouiller le site de Tanis grâce aux inscriptions du médaillon incrustées dans la paume brûlée de la main de Toht. Dans le souk de la ville, Marion est kidnappée et est emmenée de force dans un camion que Jones fait accidentellement exploser. L'aventurier est bouleversé par la mort de son ancien amour, mais décide avec l'aide de Sallah de continuer les recherches. Ils se rendent compte que les nazis ne creusent pas au bon endroit car l'autre face du médaillon fournit une précision cruciale que Toht n'a pas. Indiana s'infiltre sur le site des fouilles et découvre que Marion n'est pas morte mais retenue captive par Belloq. L'Arche d'alliance est bientôt découverte au c?ur du « Puits des âmes » grouillant de serpents. Les nazis s'emparent de l'artefact sacré et scellent le puits en y laissant Indy et Marion. Le couple s'échappe et découvre que l'Arche est sur le point d'être transportée à Berlin à bord d'une aile volante, un avion expérimental. Indy tente de saboter l'opération en détruisant l'appareil après un duel aux poings avec l'un des mécaniciens qui se solde par la mort de celui-ci, déchiqueté par une hélice. Dietrich, Toht et Belloq embarquent avec l'Arche et leur troupe à bord d'un convoi de camions. Après une course-poursuite haletante dans le désert, Jones réussit à récupérer l'artefact.
Indiana et Marion quittent l'Égypte à bord d'un navire commandé par le capitaine Katanga. Mais alors qu'ils se croient en sécurité hors des eaux territoriales, ils sont rattrapés par un sous-marin allemand. Dietrich reprend une nouvelle fois possession de l'Arche et Belloq kidnappe Marion. Jones parvient à s'enfuir et les suit jusqu'à une île de la mer Égée où le français prévoit d'ouvrir le coffre doré. L'archéologue stoppe la marche des nazis en les menaçant de tout détruire avec un bazooka. Mais il est raisonné par Belloq qui le pense incapable de détruire un tel témoignage de l'Histoire. Il est capturé et ficelé à un poteau avec Marion. Le français procède à une antique cérémonie pour ouvrir l'Arche et il s'avère qu'elle ne contient que du sable... Mais soudain, des esprits ressemblant à des séraphins de l'ancien testament émergent du coffre. Indiana, connaissant le danger pour avoir étudié la relique avec son mentor. Jones, ordonne à Marion de fermer les yeux et de ne pas regarder cela. Les esprits prennent l'apparence terrifiante d'anges de la mort et des rayons aveuglants se mettent à frapper les nazis. Belloq, Dietrich et Toht connaissent une terrible mort à cause du regard des esprits.
Lors de l'épilogue, situé à Washington, des agents du gouvernement certifient à Indy que l'Arche est étudiée en lieu sûr par des experts et qu'elle ne sera pas accessible au public. L'archéologue est furieux. L'Arche est en réalité étiquetée (Top Secret) et vulgairement entreposée dans un gigantesque hangar poussiéreux rempli de centaines de caisses au contenu incertain.