Le volume 2 s'ouvre sur l'arrivée de Bill à la chapelle de Two Pines (à El Paso, Texas), à la grande surprise de la Mariée, et une conversation s'engage entre eux deux, la Mariée confirmant à Bill, qui lui reproche sa soudaine disparition, qu'elle arrête définitivement le métier de tueuse à gages. Peu après, les autres membres du Détachement International des Vipères Assassines arrivent sur les lieux et commencent le massacre.
Quatre ans plus tard, on retrouve Budd, le frère de Bill et également ancien partenaire de la Mariée, qui travaille désormais comme videur dans un club de strip-tease et que Bill avertit qu'il est le prochain sur la liste. La Mariée vient pour le tuer durant la nuit, mais Budd, sur ses gardes, la surprend et lui tire dessus avec un fusil dont les cartouches sont chargées de gros sel. Il téléphone ensuite à Elle Driver afin de lui vendre le katana de la Mariée pour la somme d'un million de dollars, et enterre vivante cette dernière à l'intérieur d'un cercueil.
Un flashback montre ensuite Bill et la Mariée, qui est alors aussi son amante, se rendant en Chine pour que la Mariée suive l'enseignement de Pai Mei, un légendaire maître d'arts martiaux aux méthodes très brutales. La Mariée suit alors un long et difficile apprentissage avec Pai Mei et finit par gagner son respect.
L'église, située dans le désert des Mojaves près de Lancaster (Californie), ayant servi de lieu de tournage pour la chapelle de Two Pines.
De retour au présent, la Mariée, enfermée dans son cercueil, utilise une technique que lui a apprise Pai Mei pour se sortir de sa situation et finit par réussir à briser le cercueil à force de coups répétés avec sa main. Le matin suivant, Elle Driver arrive chez Budd, alors que la Mariée les surveille, et, lorsque Budd ouvre la mallette censée contenir son argent, il est mordu par un mamba noir dont le venin le tue en quelques minutes. Alors qu'Elle Driver s'en va, elle est attaquée par la Mariée (dont le véritable nom, Béatrix Kiddo, est alors révélé) et un féroce combat s'ensuit, à l'issue duquel la Mariée arrache l'?il restant d'Elle Driver avant de l'abandonner à son sort et au mamba noir resté à proximité.
Ayant finalement appris où Bill résidait, Béatrix Kiddo se rend chez lui et découvre avec stupéfaction que sa fille, appelée B. B., est vivante et a été élevée par Bill, son père. Tous trois passent la soirée ensemble, mais Bill injecte ensuite à Béatrix un sérum de vérité avant de lui poser des questions. On apprend ainsi, par un nouveau flashback, que Béatrix a décidé d'arrêter son métier d'assassin afin de protéger son enfant à naître. À la fin de leur conversation, Bill attaque Béatrix, mais celle-ci emploie une technique secrète de Pai Mei (qu'il n'a accepté d'enseigner qu'à elle) et qui tue sa victime, en lui faisant exploser le c?ur. Bill fait ses adieux à Béatrix, s'en va et s'écroule mort après cinq pas. Béatrix, sa vengeance accomplie, s'en va alors en emmenant sa fille.
Dans la petite chapelle de Two Pines perdue au milieu du désert, à El Paso (Texas), alors que se déroule la répétition d'une cérémonie de mariage, des assassins surgissent et tirent impitoyablement et sans raison apparente sur toutes les personnes présentes. La Mariée, qui est enceinte, survit à ses blessures mais sombre dans le coma. Toutefois, la Mariée n'est pas une personne ordinaire. Autrefois tueuse à gages dans une organisation secrète, le Détachement International des Vipères Assassines, elle est une combattante hors pair. Sortant du coma quatre années plus tard, elle n'a plus qu'un seul but, se venger de ses anciens complices, dans lesquels elle a reconnu les assassins de Two Pines, et surtout, tuer Bill, leur chef, qui est également le père de l'enfant qu'elle portait et qu'elle croit avoir perdu à la suite de l'attaque dans la chapelle.