La presse se fait écho de la réapparition d'une page manquante du journal de John Wilkes Booth, l'assassin d'Abraham Lincoln. Cette page contient des informations qui associent l'arrière-arrière-grand-père de Benjamin Gates à cet assassinat lui donnant même un rôle clé. Ben entame alors une quête pour disculper son aïeul. Elle l'emmène à Paris, à Londres et de retour aux États-Unis pour chercher un mystérieux livre qui contiendrait tous les secrets de notre monde transmis depuis la Guerre de Sécession à chacun des présidents américains.
Benjamin Gates dit Ben suit les traces de la famille Gates, en voulant mettre la main sur le fameux trésor des Templiers, d'une valeur incommensurable, qui aurait été caché par les Francs-Maçons durant la guerre d'indépendance des États-Unis d'Amérique. Toutefois cette quête n'est pas une mince affaire car on ne peut atteindre le trésor qu'en suivant un indice aboutissant généralement lui aussi à un autre indice.
C'est ainsi qu'un beau jour, Ben et son équipe découvrent sur un bateau en Arctique, la Charlotte, un indice qui lui laisse penser que le prochain sera présent au dos de la Déclaration d'indépendance des États-Unis. À la suite d'une trahison de plusieurs de ses équipiers, il décide de la voler (avec l'aide de son meilleur ami Riley) dans le but de la protéger et de savoir si le nouvel indice est bien là où il pense qu'il est. S'ensuit une course aux indices, avec à ses trousses le FBI ainsi que les anciens équipiers de Gates qui souhaitent lui mettre la main dessus.