La société pharmaceutique Worthington a mis au point un « vaccin » permettant aux mutants de renoncer à leurs pouvoirs. Pour la première fois de leur histoire, un choix s'offre à eux : conserver leurs caractéristiques uniques mais également la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des êtres humains normaux.
Scott Summers (Cyclope) retourne à Alkali Lake, persuadé que Jean Grey n'est pas morte. Retrouvée par Tornade, le professeur Xavier et Wolverine, Jean Grey est bien vivante mais semble changée. Ce sont ses pouvoirs qui la contrôlent ou du moins la partie négative de son subconscient, appelée « le Phénix ». N'ayant plus de repères, le Phénix s'allie à Magnéto et sa confrérie, remontée contre la firme qui produit les vaccins anti-mutants, persuadée par Magnéto que Xavier lui a menti toute sa vie sur ce qu'elle est vraiment.
L'agressivité du Phénix ne faisant que grandir tout au long du film, lors d'une scène particulièrement forte dans la maison d'enfance de Jean Grey, le professeur Xavier, aidé par Magnéto, essaiera de contrôler le Phénix mais cette dernière, rongée par une ranc?ur accumulée durant toutes ces années (le professeur avait mis en place des liens psychiques sur Jean Grey afin de contenir sa force mentale) va libérer sa puissance destructrice et, par là-même, tuera le professeur Xavier.
Magnéto ayant de nouveau le champ libre, lèvera une armée de mutants afin d'assiéger l'île d'Alcatraz, île sur laquelle se trouve l'enfant grâce auquel la société Worthington fabrique les vaccins anti-mutants. Tornade, Wolverine et les autres devront trouver la force pour s'unir et affronter Magnéto. L'affrontement final peut enfin commencer.
Patience Philips est une artiste timide, employée par une marque de cosmétiques comme publicitaire. Un jour, alors qu'elle doit porter un dessin en retard au directeur, Georges Hedare, elle découvre que lui et sa femme Laurel, mannequin de son état, cachent au public que le nouveau produit anti-âge que doit commercialiser Hedare Cosmetics peut causer de graves problèmes de peau. Mais elle est surprise par Laurel, qui ordonne à ses gardes du corps de la tuer.
En s'enfuyant, Patience se fait piéger dans un conduit d'évacuation, que ses poursuivants mettent aussitôt en marche. Elle est alors propulsée au dehors, dans la rivière. Là, alors qu'elle git sur le sol, une bande de chats en apparence errants la ressuscite. Elle a désormais les sens et l'agilité d'un chat ; elle se fait vite connaître sous le nom de « Catwoman ».
L'évolution de la vie passerait par des périodes de mutation massives. L'humanité vit l'une de ces périodes. Ainsi, plusieurs humains mutants possèdent des pouvoirs prodigieux, ce que craint la population en général. Devant ce fait, certains mutants se divisent en deux groupes. Ceux ayant à leur tête le professeur Charles Xavier, un puissant télépathe qui prône une collaboration avec les humains normaux, et ceux ayant à leur tête Erik Lensherr, plus communément appelé Magnéto, capable de créer de puissants champs magnétiques et prônant une attitude agressive envers les humains normaux, attitude probablement inspirée de son emprisonnement, lors de son enfance, dans un camp d'extermination nazi. Xavier a fondé, au nord de Salem (Massachusetts), un institut qui entraîne de nombreux élèves comme Tornade, Jean Grey et Cyclope. Les membres de cet institut, les X-men, essaient de contrer les actions de Magnéto et de ses acolytes. Une mutante, Malicia, dont les pouvoirs sont apparus à l'adolescence, peut absorber l'énergie vive d'une personne et s'approprier ses pouvoirs de façon temporaire ou définitive s'il s'agit d'un mutant. Faisant de l'auto-stop pour aller, probablement, en Alaska, elle rencontre, au Canada, Wolverine, un mutant aux capacités de regénération exceptionnelles. Ce dernier accepte de l'emmener dans son véhicule. Dent de Sabre, un mutant au service de Magnéto, les attaque, mais Malicia et Wolverine sont sauvés par Cyclope et Tornade. Ramenés à l'institut, Wolverine et le professeur Xavier concluent un pacte pour découvrir les intentions de Magnéto.
Magnéto fait kidnapper le sénateur Robert Kelly, favorable à une loi obligeant les mutants à révéler publiquement leur identité, par ses autres acolytes, Mystique et le Crapaud. Magnéto le soumet à une machine de son invention qui provoque une mutation chez les êtres humains normaux. Malicia est convaincue par Mystique, qui a pris l'apparence de Bobby Drake, qu'elle n'est pas la bienvenue à l'institut et quitte la résidence. Elle est enlevée par Magnéto, Dent de Sabre et le Crapaud malgré les efforts de Wolverine, Cyclope et Tornade pour la secourir.
Kelly s'échappe de sa prison mais, une fois arrivé à l'institut Xavier, sa mutation devient instable et il meurt. Xavier découvre cependant que Magnéto compte utiliser Malicia pour alimenter sa machine et tente de la localiser avec le Cerebro mais cet appareil a été saboté par Mystique et il tombe dans le coma. Jean Grey réussit à utiliser Cerebro et découvre que Malicia est retenue sur Liberty Island, Magneto comptant utiliser sa machine sur les leaders mondiaux réunis sur l'île voisine d'Ellis Island. Les X-Men se rendent donc à la statue de la Liberté et sauvent Malicia de la mort après un combat prolongé contre Magnéto et ses sbires. Après cette périlleuse mission, Wolverine décide de partir pour retrouver son passé et se dirige vers la base militaire de Alkali Lake. Xavier, qui est sorti de son coma, rend visite à Magnéto, désormais emprisonné dans une prison spéciale.
James Bond est en mission en Corée du Nord suite à une enquête sur des armes et des diamants de contrebande. Mais quelqu'un le trahit et il se fait capturer, puis torturer.
Un an plus tard, il est relâché lors d'un échange contre Zao, l'un des trafiquants, le seul qui connaît l'identité du traître.
Abandonné par le MI6, Bond mène son enquête en solo de Hong Kong à Londres pour savoir qui l'a trahi et qui est ce mystérieux Gustav Graves à qui tout réussit. Pendant ce temps, Bond fait la connaissance de Jinx, une femme assez mystérieuse à deux identités.
M lui propose de revenir à son poste d'agent 007 et l'envoie en Islande où il fait également la connaissance de Miranda Frost, une agente du MI6, alors qu'il commence à percer l'identité de Gustav Graves et à découvrir le secret de son dangereux projet.
Cependant, Bond n'est pas au bout de ses surprises...