Batman aborde une phase décisive de sa guerre au crime. Avec l'aide du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur Harvey Dent, il entreprend de démanteler les dernières organisations criminelles qui infestent les rues de sa ville. L'association s'avère efficace, mais le trio se heurte bientôt à un nouveau génie du crime qui répand la terreur et le chaos dans Gotham : le Joker.
Bruce Wayne assiste impuissant au meurtre de ses richissimes parents, alors qu'il n'est qu'un jeune enfant. Profondément traumatisé, il grandit tant bien que mal, obnubilé par un désir viscéral de vengeance, se promettant bien d'éviter à quiconque de subir la même épreuve. En exil en Asie, il fait la rencontre de plusieurs personnages qui influeront de façon décisive sur sa destinée. La Ligue des ombres, une communauté ninja relevant du domaine sectaire dirigée par Ra's Al Ghul, un dangereux et omnipotent magnat âgé de quelques siècles, se chargera de son entraînement physique. De retour à Gotham City, il retrouve la cité complètement sous l'emprise de sinistres psychopathes et de chefs de gang véreux. De plus, la gestion des entreprises Wayne dont il est l'héritier, devient de plus en plus opaque et hors de son contrôle. Après avoir découvert l'entrée d'une grotte insoupçonnée au sous-sol du manoir Wayne, il se fait confectionner un habit/prototype paramilitaire par Lucius Fox, et devient Batman, le justicier masqué nocturne.