Au Japon, au xviie siècle. Quatre samouraïs poursuivent le prince Kenshin qui s'est révolté contre son père. Arrêté et emprisonné, Kenshin saisit un sceptre. De nos jours, à New York, la journaliste April O'Neil, est venu offrir à ses amis Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo et Splinter le même sceptre qu'elle a trouvé chez un antiquaire. Alors qu'elle en lit l'inscription, elle disparaît et Kenshin apparaît à sa place. Les quatre tortues Ninja reviennent au xviie siècle pour délivrer April et aider la princesse Mitsu à résister à l'invasion des troupes du roi Norinaga. Elles seront aidées par un jeune pirate, Whit Whitley, l'ancêtre de Casey Jones..
Shredder, toujours vivant, s'empare du fluide radioactif qui transforma jadis les quatre tortues en mutants humanoïdes. Il désire créer de nouvelles créatures féroces qui mettront la ville à feux et à sang. Raphael, Leonardo, Michelangelo et Donatello vont tenter de l'en empêcher avec l'aide de leur ami journaliste April O'Neil, du professeur Perry et de Keno, un jeune livreur de pizza amateur d'arts martiaux.