Harry, Ron et Hermione continuent leur quête consistant à trouver les Horcruxes de Voldemort, mais s'intéressent parallèlement aux Reliques de la Mort. C'est ainsi qu'ils interrogent successivement Ollivander (sur l'existence de la Baguette de Sureau), et Gripsec (concernant les moyens de pénétrer dans Gringotts). Ils soupçonnent qu'un Horcruxe est caché dans la chambre forte de Bellatrix Lestrange, à Gringotts. Gripsec leur promet son aide à la condition qu'ils lui donnent ensuite l'Épée de Godric Gryffondor, que les gobelins considèrent comme leur propriété légitime.
Pour mener à bien leur intrusion, Hermione prend l'apparence de Bellatrix grâce au Polynectar ; Ron se fait pousser par magie une barbe et passe ainsi pour un parfait inconnu. Arrivés dans la chambre forte, ils se mettent à la recherche de l'Horcruxe, et finissent par découvrir la coupe d'Helga Pouffsouffle, que Tom Jedusor a obtenu par appât du gain. Mais ils se retrouvent bientôt surchargés de répliques d'autres objets (lesquels se multiplient sans cesse). Pour ne pas arranger la situation, la chambre est gardée par un dragon et la sécurité ne tarde pas à être alertée et ils se retrouvent doublement pris au piège. Ils parviennent finalement à s'emparer de la coupe-Horcruxe et s'enfuient sur le dos du dragon.
Mais peu après, Harry entre dans l'esprit de Voldemort et la vision qu'il en a lui montre la rage du Seigneur des Ténèbres qui, venant d'apprendre que la coupe a été volée, et par là même que ses ennemis sont sur la piste de ses Horcruxes, punit l'ensemble du personnel de Gringotts, les tuant tous sans exception. Comprenant qu'il doit agir vite, Harry persuade ses deux amis qu'ils doivent se rendre immédiatement à Poudlard où se cache, comme le Mage Noir le lui a montré dans sa colère et sa peur, le dernier Horcruxe.
Lorsqu'ils pénètrent dans Pré-au-Lard, ils découvrent que les Mangemorts les recherchent activement, mais ils sont secourus par le barman Abelforth Dumbledore, le frère de l'ancien directeur de Poudlard. Neville Londubat les rejoint et, ravi de les retrouver, les conduit, par un passage secret situé derrière le portrait d'Ariana Dumbledore, à la Salle sur Demande où le trio est accueilli par une ovation de la part de l'Armée de Dumbledore qui loge dans cette pièce depuis plusieurs jours. Les élèves de Poudlard sont alors convoqués par Rogue, le nouveau directeur qui les avertit que toute aide ou soutien apporté à Harry Potter sera très sévèrement puni, qu'il provienne des élèves ou des enseignants. Harry se révèle alors à Rogue et commence à le défier. Un duel s'engage entre Rogue et le professeur McGonagall que celle-ci remporte.
Cependant la voix glacée de Voldemort retentit dans la Grande Salle : il lance un ultimatum en réclamant qu'on lui remette son ennemi de toujours, sans quoi lui et ses Mangemorts provoqueront une bataille dans l'enceinte même du château de Poudlard. Les deux camps se rassemblent pendant qu'Harry se lance à la recherche du Diadème de Rowena Serdaigle (le dernier Horcruxe) en interrogeant la Dame Grise, la fille de la cofondatrice de Poudlard. Celle-ci affirme qu'elle sait quelle magie Voldemort a pratiqué sur le diadème et révèle à Harry l'endroit où il se trouve : la salle sur Demande. Pendant ce temps, Ron et Hermione pénètrent dans la Chambre des secrets où ils prennent des crochets de Basilic, armes qui doivent leur permettre de venir à bout des Horcruxes. Hermione détruit la coupe de Pouffsoufle. Ressentant au même moment la douleur de cette mutilation, Voldemort déclenche la bataille en brisant les sortilèges de protection. C'est une lutte folle qui s'engage alors pour l'avenir du monde de la sorcellerie.
De leur côté, Harry, Ron et Hermione se rendent dans la Salle sur Demande, où les attendent Drago Malefoy, Gregory Goyle et Blaise Zabini qui tentent de leur barrer la route. Goyle déclenche un Feudeymon auquel nos trois héros échappent en transportant avec eux sur leurs balais Malefoy et Blaise. Goyle, lui, meurt calciné par son propre feu. Harry détruit ensuite l'Horcruxe-diadème, puis entre à nouveau dans l'esprit de Voldemort pour découvrir sa position, afin de trouver le serpent-Horcruxe.
Le trio se rend ensuite au Hangar à bateaux, où se sont réfugiés Voldemort et son serpent Nagini. En route, ils participent une fois de plus à l'énorme bataille qui fait rage, et se frayent un chemin parmi des acromentules, des géants et les Mangemorts. Ils assistent au meurtre de Lavande Brown par Fenrir Greyback, qu'Hermione repousse violemment avec un sort qui le fait traverser une vitre, avant qu'il ne tombe de la falaise. On apprend que Voldemort ne peut maîtriser pleinement la Baguette de Sureau, car il pense que Rogue en est toujours le possesseur ; il ordonne donc à Nagini de le tuer. Mais Harry, Ron et Hermione arrivent à temps pour récupérer les souvenirs de Rogue, qu'ils abritent dans une fiole.
En revenant au château, Harry constate avec tristesse que Fred Weasley, Remus Lupin et Nymphadora Tonks ont succombé durant la bataille, ainsi que de nombreuses autres personnes.
Les souvenirs de Rogue révèlent à Harry que celui-ci a toujours été du côté de Dumbledore, parce que depuis toujours épris de sa mère Lily, et que le meurtre de Dumbledore de la main de Rogue n'était qu'un stratagème pour permettre à Rogue de gagner la confiance du Seigneur des Ténèbres, Dumbledore étant de toute façon condamné à mourir depuis que la bague-Horcruxe des Gaunt lui avait brûlé la main. Harry apprend surtout qu'il est lui-même condamné à mourir, une parcelle de l'âme de Voldemort résidant dans son corps, faisant de Harry le septième Horcruxe.
Résigné, Harry se rend dans la forêt où Voldemort l'a invité à le rejoindre. Il croise en chemin Ron et Hermione à qui il révèle la vérité accablante qu'il vient de découvrir et leur fait ses adieux. En possession de la Pierre de Résurrection (une des trois reliques), cachée par Dumbledore dans le Vif d'or qu'il lui avait légué, il voit apparaître ses parents James et Lily Potter, son parrain Sirius Black et Remus Lupin qui l'accompagnent « jusqu'à la toute fin ». Sans opposer de résistance, Harry reçoit le sortilège de Mort de Voldemort et se retrouve dans un monde parallèle, ayant pour Harry l'apparence de la gare de King's Cross et où il rencontre Albus Dumbledore qui lui explique que Voldemort n'a fait que détruire la partie de son âme dissimulée dans son ennemi, et qu'Harry est en fait bien vivant.
Harry se fait passer pour mort et est transporté dans les bras de Hagrid jusqu'à la cour du collège Poudlard où Voldemort arrive triomphant et raille les partisans de Harry en leur répétant que celui-ci est bien mort, et les invite à le rejoindre. Il rencontre pourtant de la résistance en la personne de Neville qui refuse la main tendue de Voldemort. Harry saute alors des bras de Hagrid et prouve qu'il n'est pas mort. Devant ce spectacle, plusieurs Mangemorts désertent et de rage, Voldemort poursuit Harry dans tout le château, pendant que Ron et Hermione tentent de tuer Nagini. En même temps, Molly Weasley réussit à se débarrasser de la plus fidèle des partisans de Voldemort : Bellatrix Lestrange. Harry et Voldemort entament alors leur ultime duel dans la cour de Poudlard. Neville finit par décapiter Nagini, détruisant le dernier des Horcruxes de Voldemort. Une dernière fois, Voldemort lance contre Harry un Avada Kedavra mais la Baguette de Sureau ne lui obéissant pas, Harry parvient peu à peu à renvoyer le sort droit vers Voldemort qui meurt donc lorsque son sort fatal revient sur sa baguette et touche sa main droite (celle qui tenait la baguette).
Plus tard, Harry révèle à Ron et Hermione que la baguette n'a pas obéi à Voldemort car elle n'a jamais appartenu à Severus Rogue, mais à Drago Malefoy. Il laisse ainsi entendre que, ayant désarmé Malefoy quelques jours auparavant, il est le véritable maître de la baguette. Cependant il ne désire pas la posséder et, pour faire bonne mesure, brise la puissante baguette en deux.
Dix-neuf ans plus tard, Harry et Ginny d'un côté, Ron et Hermione de l'autre, conduisent leurs enfants au Poudlard Express dans une ambiance sereine. Harry révèle à son plus jeune fils, Albus Severus Potter, l'origine de ses deux prénoms : le souvenir de deux directeurs de Poudlard, dont le deuxième était sans doute l'homme le plus courageux qu'il eut rencontré. Rassuré, le jeune garçon embarque dans le Poudlard Express, qui quitte la gare pour une nouvelle année à Poudlard.
Harry, Ron et Hermione décident de se lancer dans la quête de la destruction des Horcruxes.
Suite au départ des Dursley, les amis de Harry ainsi qu'une partie des membres de l'Ordre du Phénix se rendent au 4, Privet Drive afin d'emmener Harry au Terrier, en sécurité. Pour cela, ils expliquent un plan à Harry au cours duquel il y aurait sept Harry Potter à l'aide du Polynectar, ce qui préservera le vrai Harry en cas d'attaque, imminente selon Maugrey Fol ?il. Au cours de la bataille, Hedwige (la chouette de Harry) est atteinte par un sortilège et meurt en protégeant son maître, ce qui révèle aux Mangemorts qui est le véritable Harry. Après avoir échappé de peu à Voldemort, Harry et Hagrid réussissent à atteindre le Terrier. Les autres reviennent petit à petit. Mais les nouvelles ne sont pas très bonnes : Georges a perdu une oreille suite au Sectumsempra lancé par Rogue et ils apprennent par Bill Weasley la mort de Maugrey Fol ?il.
Lors d'un bref séjour au Terrier, le ministre de la Magie Rufus Scrimgeour effectue une courte visite pour remettre les legs de Dumbledore au trio. La lecture du testament révèle la distribution d'objets à Ron, Hermione et Harry. Respectivement, ils reçoivent le Déluminateur de Dumbledore, le livre Les Contes de Beedle le barde et le Vif d'or que Harry a failli avaler lors de sa première partie de Quidditch. Le ministre révèle un dernier leg pour Harry, soit l'épée de Godric Gryffondor. Toutefois, il leur dévoile que comme elle n'appartenait pas à Dumbledore lui-même, il ne peut donc pas la lui donner et que de toute façon, l'épée reste introuvable suite au décès de Dumbledore. Puis le trio assiste au mariage de Bill et Fleur. La fête est interrompue par l'arrivée du Patronus de Kingsley Shacklebolt, annonçant la mort de Rufus Scrimgeour, la chute du Ministère de la Magie et l'arrivée des Mangemorts, forçant les amis à s'enfuir précipitamment alors que la bataille entre les invités et les Mangemorts débute. Hermione, au bon moment, transplane en emportant Harry et Ron avec elle. Tous trois atterrissent au beau milieu de Londres (Tottenham Court Road) et, lorsqu'ils se retrouvent confrontés à deux Mangemorts dans un café moldu, se trouvent forcés d'aller dans la maison de Sirius (ou de Harry) au 12, square Grimmaurd.
Au 12, square Grimmaurd, ils apprennent que R.A.B. est le frère de Sirius, Regulus Arcturus Black, et que le véritable médaillon qu'il avait pris à Voldemort a été volé par Mondingus Fletcher qui a été contraint de le laisser à une sorcière du Ministère sur le Chemin de Traverse. Ils apprennent ainsi qu'il est en la possession de nulle autre que Dolores Ombrage.
Harry, Ron et Hermione se rendent au Ministère de la Magie, alors sous l'apparence de trois employés, et réussissent à s'emparer de l'Horcruxe. Il est alors possible de voir de l'intérieur la répression sur les sorciers nés-moldus et le traitement qu'on leur inflige. Après la fuite du Ministère qui ne passe pas inaperçue, ils commencent alors leur long périple à la recherche des Horcruxes restants. Harry continue de faire des rêves étranges, dont un dans lequel il voit Gregorovitch, un fabricant de baguettes se faire tuer par Voldemort. Ils se montrent d'abord incapables de détruire le vrai médaillon. Ron, qui semble être davantage affecté que les deux autres par les effets néfastes du médaillon qu'ils gardent autour de leurs cous, connaît un moment de découragement et quitte avec fracas ses amis durant quelques semaines.
Harry, voulant aller à Godric's Hollow, finit par convaincre Hermione. Après s'être recueillis sur la tombe de Lily et James Potter et avoir observé la maison des Potter en ruine, Harry et Hermione rencontrent Bathilda Tourdesac, qu'ils suivent en pensant qu'elle pourrait avoir en sa possession l'épée. Horreur, ils découvrent que la vraie Bathilda a été assassinée et que Nagini avait été placé à Godric's Hollow au cas où ils s'y rendraient. La fausse Bathilda se transforme en serpent de Voldemort, Nagini, et tous deux frôlent la mort avant de transplaner. La baguette de Harry est cassée par accident.
Une nuit, Harry aperçoit un Patronus en forme de biche apparaître devant lui. Il la suit et elle le guide à un lac gelé dans lequel Harry découvre l'épée de Gryffondor. Il plonge, mais le médaillon ne voulant pas se faire détruire tente de l'étrangler et l'attire plus loin du trou dans la glace. Mais Ron finit par revenir quelque temps plus tard pour le sauver in extremis. Ils réussissent ensemble à détruire le médaillon-Horcruxe. Le trio se rend ensuite chez le père de Luna, Xenophilius Lovegood, pour en apprendre plus sur le symbole qu'ils ont vu à de nombreuses reprises : sur la tombe du cimetière de Godric's Hollow (un frère Peverell), sur un pendentif de Xenophilius, dans les Contes de Beedle le Barde et dans la boutique du fabricant de baguettes Gregorovitch. Il s'agit en fait des Reliques de la mort (la baguette de sureau, la pierre de résurrection et la cape d'invisibilité). Mais Xénophilius veut livrer Harry et ses amis aux Mangemorts pour récupérer sa fille qui a été capturée par ces derniers, à cause de son soutien à Harry.
Le trio réussit à s'échapper avant de se faire capturer par des Rafleurs, suite à une longue course dans une forêt, qui les emmènent au manoir de la famille Malefoy. Hermione dans la panique, lance un maléfice à Harry, déformant son visage et le rendant méconnaissable. Bellatrix Lestrange fait enfermer dans la cave Harry et Ron (Harry qui est plus ou moins identifiable grâce au sort d'Hermione) qui y retrouvent Luna, Gripsec (un gobelin) et Ollivander. Hermione, restée dans le salon, est alors torturée par Bellatrix. Harry demande de l'aide à son petit miroir et au même moment crucial, Dobby (elfe de maison et ami de Harry) arrive, emmène Ollivander et Luna chez Bill et Fleur et libère Harry et Ron de la cave, laissant Queudver inconscient. Une bataille éclate alors et Dobby, en s'accrochant au lustre et en le dévissant, le fait tomber à quelques centimètres de Bellatrix, la désorientant. Il prend alors Harry, Ron, Hermione et Gripsec puis transplane. Par malheur, Bellatrix lance un poignard qui disparaît avec eux. Ces derniers atterrissent à la plage de la Chaumière aux Coquillages, maison de Bill et Fleur. Harry regarde Dobby et voit alors sa souffrance. Dobby a été touché par le poignard de Bellatrix et meurt dans les bras de Harry. Ce dernier creuse alors une tombe, sans utiliser la magie, et met Dobby en terre. Pendant ce temps, Voldemort profane la tombe de Dumbledore et y prend la baguette de Dumbledore, qu'il sait être la Baguette de Sureau que ce dernier avait emporté dans sa dernière demeure. Cette baguette avait précédemment appartenu à Grindelwald, mage noir défait par Dumbledore bien des années auparavant. Un immense éclair sort de la Baguette contrôlée par Voldemort et éclaire le ciel.
Des mangemorts apparaissent à Londres et provoquent l'effondrement du Millennium Bridge.
Harry Potter fête ses seize ans et entre en sixième année à Poudlard.
Voldemort exerce à présent son pouvoir grandissant et le monde entier est en danger ; Severus Rogue est le nouveau professeur de défense contre les forces du mal alors que Harry se méfie de plus en plus de lui et doute de son honnêteté ; Drago Malefoy serait devenu un mangemort chargé par Voldemort d'assassiner le directeur Dumbledore.
Harry éprouve des sentiments pour Ginny Weasley qu'il n'ose exprimer à cause de son ami Ron. Ce dernier devient gardien de l'équipe de quidditch de Gryffondor mais n'est pas très rassuré à l'idée d'assurer un match.
Horace Slughorn est le nouveau professeur de potions, Harry récupère un ancien livre appartenant à un certain « prince de sang-mêlé » qui lui est bien utile, Ron flirte avec Lavande Brown, réveillant ainsi la jalousie d'Hermione Granger qui tente de le conquérir, et Dumbledore fait découvrir le sombre passé de Voldemort à Harry via la pensine. Un souvenir clé de Horace avec Tom Jedusor est falsifié. Harry est alors chargé de se rapprocher de son professeur pour découvrir le véritable souvenir. Il finit par découvrir que Tom, alors étudiant, l'avait questionné sur les horcruxes : des objets où un sorcier dissimule une partie de son âme. Ils permettent ainsi, tant qu'un horcruxe existe, de revenir à la vie même si son corps est détruit.
Severus passe un serment inviolable avec la mère Drago : protéger son fils et l'aider dans sa mission, ainsi que tuer lui-même Dumbledore si Drago échoue. Plusieurs tentatives de Drago échouent, c'est alors Severus qui assassine Dumbledore en utilisant le sortilège Avada Kedavra.
Finalement, Harry Potter décide de quitter l'école pour rechercher les horcruxes de Voldemort dans le but de les détruire.
Alors qu'il entame sa cinquième année d'étude à Poudlard, Harry Potter découvre qu'une bonne partie de la communauté des sorciers feint d'ignorer sa récente confrontation avec Lord Voldemort, et préfèrent nier cette aveuglante évidence : le Seigneur des Ténèbres est bel et bien vivant.
De plus, la communauté magique lit les mensonges de Rita Skeeter dans la Gazette du Sorcier sous contrôle du Ministère de la Magie. Les articles qui paraissent dans la Gazette affirment que Dumbledore est devenu un vieillard sénile et Harry, un illuminé qui cherche à attirer l'attention sur lui en racontant des histoires à dormir debout.
Craignant que le puissant Albus Dumbledore ne mente à propos du retour de Voldemort dans le but de saper son autorité et de lui ravir son poste, le Ministre de la Magie Cornélius Fudge nomme un nouveau Professeur de Défense contre les Forces du Mal, qu'il charge de surveiller le vieux doyen et ses étudiants. Mais celle-ci, Dolores Ombrage, envoyée secrète de Cornelius Fudge, va tenter de faire croire au monde de la magie que ce ne sont que des mensonges, que Lord Voldemort n'était absolument pas revenu et que Dumbledore était fou ainsi que Harry. Elle les dévalorise ouvertement et les fait passer aux yeux de tous pour des menteurs. À la demande pressante de ses amis Ron et Hermione, Harry décide donc de prendre les choses en main. Il réunit en secret un petit groupe de courageux étudiants, qui se baptise l'« Armée de Dumbledore », pour les aider à se défendre contre les Forces du Mal et les entraîner en vue de la grande guerre qui se prépare.
Âgé de quatorze ans, Harry est tourmenté par des cauchemars dans lesquels il rentre en connexion avec l'esprit de Voldemort, voyant ainsi tout ce que fait celui-ci. En vacances chez les Weasley, il assiste à la coupe du monde de quidditch, durant laquelle les fidèles de Voldemort défilent en semant la terreur et la panique dans le campement où Harry et les Weasley dormaient. La marque des ténèbres apparaît lancée par un inconnu. Harry retourne à Poudlard. Cette année-là, le légendaire « Tournoi des Trois sorciers » y a lieu. Il s'agit d'un tournoi opposant trois sorciers âgés au minimum de 17 ans. Poudlard accueille les écoles de magie de Beauxbâtons, et de Durmstrang. Alors qu'il n'a pas l'âge pour y participer, Harry est mystérieusement sélectionné et devient le quatrième champion. C'est alors que vont s'enchaîner de pénibles et difficiles épreuves, dont la préparation au retour de Voldemort, que Harry devra affronter, plus seul que jamais.
Sirius Black, un dangereux criminel, s'est échappé du pénitencier d'Azkaban, la terrible prison des sorciers, dans le but de retrouver Harry Potter. Le jeune orphelin, qui entre maintenant en troisième année à l'école de sorcellerie de Poudlard, fait dès lors l'objet d'une surveillance attentive : Black, qui aurait livré les parents d'Harry à Voldemort, voudrait en effet le tuer.
Alors que l'oncle Vernon, la tante Pétunia et leur fils unique, le cousin Dudley, reçoivent d'importants invités à dîner, Harry Potter est contraint de passer la soirée dans sa chambre. Dobby, un elfe de maison, fait alors son apparition. Il lui annonce que de terribles dangers menacent l'école de Poudlard et qu'il ne doit pas y retourner en septembre. Harry refuse de le croire. Mais sitôt la rentrée des classes effectuée, ce dernier entend une voix malveillante. La redoutable et légendaire « Chambre des secrets » est à nouveau ouverte, permettant ainsi à l'héritier de Serpentard de semer le chaos à Poudlard. Les victimes, retrouvées pétrifiées par une force mystérieuse, se succèdent dans les couloirs de l'école, sans que les professeurs - pas même le populaire Gilderoy Lockhart - ne parviennent à endiguer la menace. Aidé de Ron et Hermione, Harry doit agir au plus vite pour sauver Poudlard.
Harry Potter, un jeune orphelin, est élevé par son oncle Vernon et sa tante Pétunia, qui le détestent. Lorsqu'il était enfant, ces derniers lui ont raconté que ses parents étaient morts dans un accident de voiture. Ils ont en réalité été assassinés par Lord Voldemort, le plus puissant des mages noirs. Le jour de son onzième anniversaire, Harry reçoit la visite inattendue d'un homme gigantesque, se nommant Rubeus Hagrid. Celui-ci lui révèle qu'il est en fait le fils de deux puissants sorciers et qu'il possède lui aussi d'extraordinaires pouvoirs. C'est avec joie que le garçon accepte de suivre des cours à Poudlard, une école de sorcellerie où il aura enfin la chance de se faire des amis. Lors de sa première année à l'école de sorciers, Harry va tenter d'élucider le mystère de la pierre philosophale, aidé par ses deux amis, Ron et Hermione.