Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre.
Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l'Elu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Zion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ?
L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...
Nelson Moss est un publicitaire ambitieux, obsédé par le travail. Seule sa carrière importe ; les autres ne sont là que pour l'aider à atteindre ses objectifs. Il n'a pas de temps à consacrer à ses amis ou à ses collègues, ainsi va la vie.
En pleine concentration lors d'un important examen de conduite, Nelson est dérangé par une jeune femme arrivée en retard. Ne sachant pas la réponse à une question, il la lui demande discrètement. Mais voilà que le surveillant l'accuse, elle, de tricherie et déchire sa copie.
Même s'il est pressé comme à son habitude, Nelson prend un peu de temps pour aller s'excuser. Elle s'appelle Sara Deever, elle est joviale, zen, pleine d'énergie. Malgré son manque flagrant de bonnes manières, elle voit en Nelson quelqu'un de bien. Elle a un certain don pour transformer les hommes et elle n'a besoin que d'un mois pour cela.
C'est bientôt le mois de novembre et Sara invite Nelson à venir habiter chez elle en plus d'être son chauffeur. Celui-ci hésite et se demande si son invitation est sérieuse, mais tout porte à croire que oui. Sara lui fait alors apprécier la simplicité de la vie. C'est la première fois qu'on lui prodigue autant de gentillesses sans qu'on lui demande quoi que ce soit en retour. Nelson le mérite-t-il ?
Ex-agent du FBI à Los Angeles, Joel Campbell a passé huit ans de sa carrière à traquer des tueurs en série. L'un d'eux, Griffin, specialisé dans le meurtre des femmes seules, a tenté de le provoquer et de l'entraîner dans un jeu morbide mais Campbell a resisté et s'est fait muter à Chicago.
En proie à de douloureuses migraines, il suit une psychanalyse avec le docter Polly. Etrangement, la réapparition de Griffin va l'éloigner un temps de ses problèmes. Le tueur lui envoie chaque jour la photo d'une inconnue, qu'il menace de tuer le soir venu...
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l'un des pirates les plus recherchés du cyber-espace. A cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés provenant d'un certain Morpheus. Celui-ci l'exhorte à aller au-delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu'est-ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n'est encore parvenu à en percer les defenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l'Elu, le libérateur mythique de l'humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents...