Le monde sait désormais que l'inventeur milliardaire Tony Stark et le super-héros Iron Man ne font qu'un. Malgré la pression du gouvernement, de la presse et du public pour qu'il partage sa technologie avec l'armée, Tony n'est pas disposé à divulguer les secrets de son armure, redoutant que l'information atterrisse dans de mauvaises mains. Avec Pepper Potts et James Rhodey Rhodes à ses côtés, Tony va forger de nouvelles alliances et affronter de nouvelles forces toutes-puissantes...
D'ici quelques décennies... Lincoln Six-Echo et sa camarade Jordan Two-Delta font partie des centaines de Produits d'une immense colonie souterraine où la vie est étroitement surveillée et régie par des codes très stricts. Le seul espoir d'échapper à cet univers stérile est d'être sélectionné pour un transfert sur l'Île. A en croire les dirigeants de la colonie, l'Île serait le dernier territoire à avoir échappé à la catastrophe écologique qui ravagea notre planète quelques années auparavant et en rendit l'atmosphère à jamais irrespirable... Lincoln, comme la totalité de ses congénères, a longtemps cru à ce paradis. Mais depuis quelque temps, des cauchemars récurrents troublent ses nuits, et le jeune homme commence à s'interroger sur le sens de sa vie et les restrictions faites à sa liberté. Poussé par une curiosité tenace, Lincoln découvre bientôt l'atroce vérité...