Deux cents ans après la mort de l'officier Ripley, une équipe de généticiens ressuscite la jeune femme en croisant son ADN avec celui d'un Alien. Le cauchemar reprend. A bord de la station Auriga, Ripley donne naissance à un fils qui lui est aussitot enlevé. Prisonnière, elle s'efforce de renouer avec son lointain passé humain. Bientôt un autre vaisseau rejoint l'Auriga. Parmi l'équipage composé de brutes et de mercenaires, Ripley decouvre une belle jeune femme, Call, avec laquelle elle ne tarde pas a se lier d'amitié.
Seule survivante d'un carnage sur une planète lointaine, Ripley s'échoue sur Fiorina 161, planète oubliée de l'univers, balayée par des vents puissants. Une communauté d'une vingtaine d'hommes y vit. Violeurs, assassins, infanticides, ce sont les plus dangereux détenus de droits communs de l'univers. L'arrivée de Ripley va les confronter à un danger qui sera plus fort qu'eux.
L'officier Ellen Ripley après cinquante ans de dérive dans la stratosphere part de nouveau en mission sur la planete Acheron. Ce n'est plus un Alien qui l'attend mais ses nombreux enfants terribles gouvernés par une reine-mère possessive.
Le vaisseau commercial Nostromo et son équipage, sept hommes et femmes, rentrent sur Terre avec une importante cargaison de minerai. Mais lors d'un arrêt forcé sur une planète déserte, l'officier Kane se fait agresser par une forme de vie inconnue, une arachnide qui étouffe son visage.
Après que le docteur de bord lui retire le spécimen, l'équipage retrouve le sourire et dîne ensemble. Jusqu'à ce que Kane, pris de convulsions, voit son abdomen perforé par un corps étranger vivant, qui s'échappe dans les couloirs du vaisseau...