15 ans après la Seconde Guerre Mondiale, Adolf Eichmann est enlevé par le Mossad en Argentine et rapatrié pour son procès en Israël. En prison, l'artisan principal de la « Solution Finale », livre une confession ultime de sa vie à l'officier de police Avner Less. Cette confrontation va révéler l'horreur ultime qui envoya plus de 6 millions de Juifs à la mort, dont le père d'Avner
En 1937, l'armée impériale japonaise passe les portes de la ville de Nankin. La capitale de la Chine est maintenant aux mains des troupes ennemies. Une poignée de soldats chinois se défendent encore, mais ils sont vite traqués par les soldats japonais qui ont reçu l'ordre de ne pas faire de prisonniers. Le «Massacre de Nankin» est en marche : les soldats chinois sont exécutés et les femmes sont violées. Les réfugiés tentent quant à eux de survivre et de sauver les leurs. Participant à ce carnage malgré lui, le jeune soldat japonais Kadokawa s'amourache d'une fille de joie.
Après la défaite de l'Allemagne lors de la Seconde Guerre Mondiale, les Alliés décident de juger les crimes de guerre des nazis. Vingt-et-un membres du haut commandement nazi sont poursuivis au Palais de Justice de Nuremberg. Accusés de complot, de crime contre la paix, de crime de guerre et de crime contre l'humanité, les vingt-et-un plaident non-coupables.
Berlin, avril 1945. Le IIIe Reich agonise. Les combats font rage dans les rues de la capitale. Hitler, accompagné de ses généraux et de ses plus proches partisans, s'est réfugié dans son bunker, situé dans les jardins de la Chancellerie.
A ses côtés, Traudl Junge, la secrétaire particulière du Führer, refuse de l'abandonner. Tandis qu'à l'extérieur la situation se dégrade, Hitler vit ses dernières heures et la chute du régime.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, Kurt Gerstein, un officier SS allemand, épaulé par un jeune jésuite, Ricardo Fontana, tente d'informer le Pape Pie XII et les Alliés du génocide des Juifs organisé par les nazis dans les camps de concentration.
Durant la Seconde Guerre mondiale, Wladyslaw Szpilman, un célèbre pianiste juif polonais, échappe à la déportation mais se retrouve parqué dans le ghetto de Varsovie dont il partage les souffrances, les humiliations et les luttes héroïques. Il parvient à s'en échapper et se réfugie dans les ruines de la capitale. Un officier allemand, qui apprécie sa musique, l'aide et lui permet de survivre.
En septembre 1939, l'armée allemande prend le contrôle de la Pologne. Un groupe de professeurs, à la tête duquel se trouve Mordechai Anielewicz, s'inquiète du traitement qu'Hitler semble réserver aux Juifs. Après avoir été témoin d'actes de violence, Mordechai tente de faciliter la fuite de ses étudiants en Palestine, mais il est arrêté et emprisonné. Il s'évade et retourne à Varsovie. Mais la ville est devenue méconnaissable. Un immense mur de pierre a été dressé, derrière lequel se trouve ce que l'on appelle le Ghetto de Varsovie. Révolté, Mordechai tente de s'opposer à l'oppression nazie et monte avec ses compatriotes un mouvement de résistance, le J.F.O (Jewish Fighting Organization). Il mobilise son meilleur ami Yitzhak Zuckerman et sa femme Zivia. Parmi ses recrues se trouve également Tosia Altman, une jeune fille capable de passer pour une aryenne aux yeux des Allemands
Le scénario a été écrit à partir du procès-verbal de la réunion au cours de laquelle fut organisée, le 20 janvier 1942, l'extermination des Juifs d'Europe. Hauts fonctionnaires et officiers nazis s'étaient rassemblés autour du général SS Reinhard Heydrich, directeur de la Sécurité du Reich, sur ordre de Himmler. En moins de deux heures, l'extermination des Juifs d'Europe était planifiée.
Evocation des années de guerre d'Oskar Schindler, fils d'industriel d'origine autrichienne rentré à Cracovie en 1939 avec les troupes allemandes. Il va, tout au long de la guerre, protéger des juifs en les faisant travailler dans sa fabrique et en 1944 sauver huit cents hommes et trois cents femmes du camp d'extermination de Auschwitz-Birkenau.