En Arizona, est implanté le projet Isabella, un accélérateur de particules capable de produire une énergie comparable au big bang et d'expliquer ainsi la naissance de l'Univers. Ce projet, mené par le professeur Hazélius, trouve de nombreux opposants. Parmi eux, des Indiens Navajos, des écologistes, un pasteur fondamentaliste. Wyman Ford est dépêché pour assurer la pérennité du projet.
Une équipe d'archéologues massacrée en pleine jungle amazonienne. Les caisses contenant leurs découvertes acheminées au Muséum d'histoire naturelle de New York. et oubliées dans un sous-sol. Meurtres au Muséum d'histoire naturelle de New York. Quelques années plus tard, le musée annonce une exposition consacrée aux superstitions et croyances mystérieuses des peuples primitifs. Mais les préparatifs sont troublés par une série de crimes aussi sanglants qu'inexplicables. Le criminel : un homme ou une entité inconnue ? Une menace terrifiante hante les couloirs et les salles du Muséum, un meurtrier d'une force et d'une férocité inouïes. On parle même d'un monstre. De quoi éveiller la curiosité d'Aloysius Pendergast, du FBI, expert en crimes rituels.
Tom Broadbent - l'un des trois fils de Maxwell, milliardaire excentrique et personnage principal du Codex - découvre un chasseur de trésors blessé par balle. Avant de mourir dans ses bras, ce dernier lui confie un carnet rempli de chiffres mystérieux... Débute alors une aventure qui mènera Tom dans les canyons du Nouveau-Mexique sur les traces d'un fossile de Tyrannosaurus Rex vieux de 65 millions d'années, dont les cellules contiennent pourtant une étrange particule toujours active... Mais Tom n'est pas le seul à vouloir mettre la main sur le T-Rex. Un paléontologue ambitieux, un ancien agent de la CIA devenu moine et une mystérieuse agence gouvernementale entrent dans la danse. Certains y laisseront la vie...