Dans ce second volet de la trilogie Matrix, les rebelles Neo (Keanu Reeves), Trinity (Carrie-Anne Moss) et Morpheus (Laurence Fishburn) poursuivent leur combat contre la suprématie de la machine, opposant leurs extraordinaires talents aux forces de l'exploitation et de la répression. Dans leur quête pour prévenir l'extinction de la race humaine, ils gagnent une meilleure compréhension de la Matrice et du rôle clé de Néo dans la destinée de l'humanité.