En 1863, durant la guerre de Sécession, le lieutenant nordiste John Dunbar est gravement blessé à une jambe lors d'un combat. Refusant de devenir, au mieux invalide (il est convaincu de finir amputé), au pire de mourir d'hémorragie ou d'infection, il a un mouvement d'orgueil suicidaire. Le soldat remet sa botte, choisit au hasard un cheval, le chevauche et réagit de manière désespérée en effectuant un aller-retour au galop devant les lignes ennemies proches de sa position en levant les bras, sans armes. Il est certain d'être tué, pour autant il échappe miraculeusement aux balles. Son coup d'éclat passe pour une action héroïque. Cela encourage ses compagnons à lancer une attaque décisive et lui permettra par la suite de bénéficier des soins du chirurgien personnel du général, admiratif de son « exploit ».
Une fois décoré et entièrement rétabli, il demande sa mutation dans un avant-poste de l’Ouest sauvage pour échapper à l'horreur du souvenir de la guerre.
Il se retrouve dans un « fort » — en réalité une cabane en bois avec une remise séparée — mystérieusement déserté par la petite troupe qui était censée le tenir. Il est donc seul et satisfait de l'être. Il a pour compagnons un jeune loup solitaire qu'il appelle « Chaussettes » (« Two Socks ») et qu'il apprivoise lentement, ainsi que sa fidèle monture, nommée Cisco, qu'il a conservée.
Mais les renforts n'arrivent pas car les deux seuls hommes qui connaissent la présence de Dunbar dans ce poste avancé meurent avant de pouvoir le signaler : le major déséquilibré qui l'y a affecté se suicide juste après le départ de Dunbar et le muletier qui l'y a conduit avec le chargement de vivres, de matériel et de munitions destiné à la garnison est massacré sur la route du retour par un petit groupe d'Indiens Pawnees.
Les journées du soldat se résument à parcourir la région puis à consigner, dans son journal, ses observations en attendant l’arrivée de renforts hypothétiques.
Seulement, une tribu indienne de Sioux installée à proximité découvre son poste en voyant la fumée de son feu. Les relations qu'il entretient avec quelques-uns des membres de la tribu, dont on découvre qu'elle est installée à quelques heures de chevauchée du poste de Dunbar, sont conflictuelles, faites de méfiance et de peur réciproques, marquées par plusieurs tentatives des Sioux de voler son cheval. Progressivement, Dunbar établit le contact en sauvant une Indienne blanche, « Dressée avec le Poing » (« Stands with the fist »), qui tentait de se suicider après la mort de son époux Sioux.
La communication est difficile et les échanges brefs. Mais le lieutenant va finir par se lier d'amitié avec la tribu, à tel point qu'il est invité régulièrement au campement indien.
Un jour, alors que ses amis Sioux attendent fébrilement l'arrivée des bisons, il se précipite jusqu'à leur campement pour leur annoncer par gestes qu'il les a repérés passant près du poste qu'il tient. Il est invité à les chasser avec eux. Durant la chasse, il sauve un jeune Indien (« Sourit Beaucoup ») de la charge d'un énorme bison, ce qui lui vaut le respect et l'admiration de toute la communauté, ainsi que sa totale admission parmi eux. Le lieutenant est par la suite aperçu en train de jouer avec le loup Chaussettes qu'il a « adopté » ; les Indiens visualisant cela comme un signe le nomment alors « Danse avec les Loups » (« Dances with wolves »).
Il tisse et entretient des rapports privilégiés avec « Oiseau bondissant », le « saint homme » (chaman) de la tribu, père adoptif de Dressée avec le poing, de même avec Cheveux au vent qui est un grand guerrier, ou encore Dix Ours, le chef du village. Il tombe sous le charme de Dressée avec le poing qui sert d'intermédiaire entre lui et les Indiens. Elle a conservé quelques rudiments d'anglais, sa langue natale. Les Sioux l'ont recueillie et adoptée très jeune après le massacre de sa famille par les Pawnees, la tribu ennemie des Sioux, dont elle fut la seule survivante.
Au fil des mois, le lieutenant John Dunbar délaisse totalement son rôle de soldat et devient Sioux à part entière. Il se marie avec Dressée avec le poing à la manière Indienne après qu'Oiseau bondissant ait levé le deuil de cette dernière, puis sauve toute la tribu d'une attaque des Pawnees. Pour ce faire, il va récupérer avec Sourit beaucoup, sous la pluie, le stock de fusils qu'il avait enterré près du fort.
Mais les soldats blancs arrivent inexorablement dans les territoires des Indiens ; cette menace – qui pèse sur tout le film – inquiète légitimement la tribu. Celle-ci décide de migrer pour l'hiver et le lieutenant retourne une dernière fois au fort, pour récupérer le carnet dans lequel il tient son précieux journal depuis le premier jour, de manière à ne pas laisser d'indices compromettants.
Lorsqu'il parvient près du poste, il découvre que la relève est enfin arrivée. Les militaires sont des soudards, des illettrés brutaux et dangereux. Le poste s'est agrandi avec des tentes de campement et de nombreux soldats le gardent. Vêtu et paré en Indien, le lieutenant se fait tirer dessus et son cheval est mortellement touché. Lui-même est brutalement frappé bien qu'il leur affirme, en Anglais, qu'il n'est pas un de leur ennemi.
Par la suite, il est renvoyé vers l'Est enchaîné et sous bonne escorte afin d'y être jugé et pendu pour trahison. Pendant ce transfert, ses gardes tuent Chaussettes qui s'était montré.
Les Indiens, inquiets de ne pas voir revenir Danse avec les Loups, ont envoyé des guerriers à sa recherche. Le voyant souffrir sous le joug des militaires, ils lancent l'assaut sur le convoi et délivrent le lieutenant, massacrant son escorte. Le lieutenant tue lui-même le plus ignoble et le plus veule de ses gardiens, celui qui avait dérobé son journal et l'utilisait d'ailleurs comme papier hygiénique.
Après avoir rejoint le campement d'hiver récemment installé, John Dunbar décide de quitter la tribu en compagnie de sa femme Dressée avec le Poing, après avoir persuadé Dix Ours de déplacer à nouveau son campement. En effet, l'armée le considère comme un traître et sa recherche risque certainement de mettre en péril la communauté toute entière.
Il décide alors de partir pour pouvoir s'expliquer, muni, à titre de preuve, de son précieux journal restitué par Sourit Beaucoup qui l'avait miraculeusement récupéré flottant dans la rivière après l'assaut sur le convoi. L'armée trouve le campement déménagé et un loup hurle dans le lointain.
Un dernier intertitre signale que treize ans plus tard, la dernière tribu Sioux libre, qui a vu ses foyers détruits et ses bisons chassés, est soumise à l'autorité blanche à Fort Robinson, Nebraska, et que la Grande Culture des Plaines s'est éteinte.
Frank Farmer appartient à l'élite des gardes du corps américains. Il s'est interdit toute forme d'émotions susceptible de nuire à son efficacité. On lui propose un contrat pour la protection de Rachel Marron, comédienne et chanteuse menacée par un fan qui en veut à sa vie et qui lui envoie des lettres hostiles. Devant l'attitude fantasque de sa cliente, Frank accepte à contrecœur.
La séquence d'introduction du film montre l'arrivée d'un vétéran de la Seconde Guerre mondiale, maintenant âgé, qui visite en France le cimetière américain de Colleville-sur-Mer avec sa famille et ses petits-enfants. Arrivé devant une tombe, il tombe à genoux avec émotion, et commence à se remémorer des souvenirs de la guerre.
Au matin du 6 juin 1944, premier jour de la bataille de Normandie lors du débarquement allié. Sur la plage d’Omaha Beach d'où débarquent les Américains, dans le secteur « Dog Green », le capitaine John H. Miller, le commandant une compagnie de Rangers, lutte pour sortir de la plage avec ses hommes. Après de durs combats, ils parviennent à créer une brèche dans la fortification ennemie et nettoient les positions défensives de l'armée allemande.
Au cours de la période du débarquement allié, trois hommes, tous dénommés Ryan et appartenant à la même fratrie de quatre frères, meurent au combat : l'un sur la plage d'Omaha Beach, un deuxième à Utah Beach ; le troisième meurt en Nouvelle-Guinée durant la campagne du Pacifique. Le dernier frère, le soldat James Francis Ryan, fait partie de la 101e division aéroportée américaine, parachutée sur le Cotentin en plein territoire ennemi et dont on est sans nouvelles. Les trois lettres annonçant la mort des fils Ryan vont parvenir à leur mère en même temps.
Informé de ces événements, le chef de l'État-major des États-Unis basé à Washington, le général George C. Marshall, décide de monter une expédition de sauvetage. La mission est confiée au capitaine Miller et son escouade de sept hommes (le sergent Horvath, les soldats Reiben, Caparzo, Mellish et Jackson, l'infirmier Wade et le caporal Upham, un traducteur du quartier général). Ils doivent retrouver Ryan et, s'il est encore en vie, le ramener sain et sauf afin de le faire rapatrier en Amérique.
L'expédition de secours part alors à la recherche de Ryan à travers le bocage normand, au hasard des combats contre les troupes allemandes qui tentent de résister coûte que coûte à l'avancée alliée. Au fil de leur quête, et après avoir perdu successivement plusieurs hommes durant l'accomplissement de leur mission, certaines questions se posent à Miller et à ses hommes, qui deviennent amers et désillusionnés : arriveront-ils à retrouver ce Ryan en vie parmi le carnage qui sévit autour d'eux ? Mais surtout : la vie du soldat Ryan vaut-elle de risquer la leur ?
Dans un premier temps, après avoir localisé un soldat nommé « James Ryan », l'escouade s'aperçoit qu'il s'agit d'un homonyme. Par la suite, grâce à une information recueillie sur des soldats de passage, le capitaine Miller apprend que Ryan défend un pont important au village de Ramelle. Arrivés non loin du village, Miller et ses hommes retrouvent par hasard James Francis Ryan après une embuscade avec un blindé allemand. De retour à Ramelle, Ryan refuse de quitter son poste, malgré l'ordre de Miller de repartir avec eux. Finalement, ce dernier décide d'aider les soldats à protéger le pont avec ses hommes, les troupes allemandes étant sur le point d'arriver et de reprendre cet objectif stratégique.
Se préparant à l'arrivée des Allemands (composé d'éléments de la 2e division Panzer SS avec deux chars Tigre et deux chasseurs de chars Marder, plus une centaine d'hommes de l'infanterie allemande), Miller et ses hommes, avec Ryan et les autres soldats de Ramelle, mènent un combat acharné pour défendre le pont. Bien qu'ils infligent de lourdes pertes aux Allemands, la plupart des soldats américains sont tués, notamment Jackson, Mellish et Horvath ; Upham, lui, est immobilisé par la peur et se cache.
À court de solutions, Miller tente en dernier recours de faire sauter le pont, mais il est alors abattu par un soldat allemand, anciennement capturé par Miller et ses hommes, qui a rejoint une unité de combat. Alors qu'il essaie de récupérer le détonateur des explosifs, Miller voit un char ennemi arriver en sens inverse vers lui. Blessé et incapable de bouger, il tire sur le char avec son pistolet tandis que celui-ci atteint le pont, dans un ultime geste de défense. Mais soudainement, le char explose ; un chasseur P-51 Mustang américain, survolant la zone, vient de détruire le char. Peu après, des unités blindées américaines arrivent en renfort et mettent en déroute les Allemands restants. Alors que les troupes allemands battent en retraite, Upham sort de sa cachette et abat le soldat allemand qu'il a vu tirer sur Miller, mais permet à ses camarades de s'enfuir.
Les soldats Reiben et Ryan, seuls survivants, sont sur le pont avec le capitaine Miller, alors mourant. Miller prononce ses derniers mots à l'oreille de Ryan : James ... Mérites-ça. Mérites-lea. Alors que Ryan se tient au-dessus du corps sans vie du capitaine Miller, les années commencent à s'ajouter à son visage et il redevient le vétéran âgé, debout à côté de la tombe du capitaine Miller au cimetière de Colleville-sur-Mer. James Ryan demande alors à sa femme s'il a été digne d'un tel sacrifice, s'il a été un homme bien ; comprenant ce qu'il veut dire, elle lui répond alors qu'il l'est. Ryan salue ensuite la tombe de Miller.
La dernière séquence du film montre le drapeau des États-Unis flottant dans le ciel, comme au tout début du film.
Un an après que deux des plus grands éleveurs du Nouveau-Mexique se sont livré bataille, Billy le Kid et ses compères se sont séparés et dispersés aux quatre coins du pays. Mais le gouvernement veut à tout prix rétablir l'ordre : le gouverneur Wallace blanchit Pat Garrett, un ancien compagnon du "Kid", et le charge de le tuer.
Wyatt Earp, ancien marshal à la réputation légendaire, décide de prendre sa retraite et de couler des jours paisibles dans la ville minière de Tombstone, alors en pleine expansion. Il y retrouve ses frères Virgil et Morgan et leurs épouses, ainsi que son ami Doc Holliday, joueur et fine gâchette atteint de tuberculose. Wyatt parvient rapidement à devenir associé dans un saloon alors que sa femme Mattie devient dépendante du laudanum. Peu après, Wyatt et Doc Holliday ont quelques frictions avec une bande de hors-la-loi, les Cowboys, dirigée par Curly Bill Brocius et Johnny Ringo, un dangereux sociopathe avec qui Holliday développe très vite une inimitié réciproque.
Après un dramatique évènement, le meurtre par Curly Bill du marshal de la ville, Wyatt neutralise et emprisonne Curly Bill. Mais celui-ci est libéré peu après et les Cowboys jurent de se venger. Wyatt fait également la connaissance de Josephine Marcus, une comédienne de théâtre qui ne cache pas son intérêt pour lui et qui l'attire également, et doit faire de grands efforts pour résister à cette attirance. Virgil Earp, écœuré par l'impunité avec laquelle les Cowboys sèment le trouble, décide de devenir marshal de Tombstone et interdit de porter des armes à feu dans la ville. Cette décision entraîne la fusillade d'O.K. Corral au cours de laquelle trois Cowboys sont tués par les Earp et Holliday. En représailles, les hors-la-loi assassinent Morgan Earp et blessent gravement Virgil. Wyatt redevient alors marshal et, avec l'aide de Doc Holliday et quelques autres, commence à traquer impitoyablement les membres du gang de Curly Bill et Ringo.
Au cours d'une embuscade tendue par les Cowboys, Wyatt parvient à tuer Curly Bill. Peu après, l'état de santé de Doc Holliday s'aggrave et le petit groupe doit chercher refuge dans un ranch. Wyatt y rencontre Josephine et finit par réaliser qu'il veut refaire sa vie avec elle. Mais Ringo, qui est à présent le chef des Cowboys, propose un duel à Wyatt pour régler définitivement leur querelle. Wyatt accepte, même s'il sait que son adversaire est plus rapide que lui. Doc Holliday, malgré son état, devance Wyatt sur le lieu convenu pour le duel et tue Ringo. Après cela, ils éliminent ou chassent du pays tout le reste de la bande.
Quelque temps plus tard, Doc Holliday, désormais à l'agonie, est alité dans un sanatorium. Wyatt lui rend visite quotidiennement mais Doc le persuade de le laisser mourir et de partir retrouver Josephine afin de pouvoir enfin vivre sa vie comme il l'entend. Doc meurt peu après alors que Wyatt et Josephine resteront inséparables jusqu'en 1929, date de la mort de Wyatt.
Le riche homme d'affaires John Hammond a créé un parc à thème animalier appelé Jurassic Park, avec des dinosaures clonés et des plantes préhistoriques, sur l' île costaricienne d' Isla Nublar . À la suite d'un accident sur le site où un travailleur est tué, l'avocat Donald Gennaro, représentant les investisseurs de Hammond, insiste pour qu'il obtienne des experts pour certifier que son parc est sûr.
Hammond emmène un groupe composé de Gennaro, du mathématicien et théoricien du chaos Ian Malcolm, du paléontologue Dr. Alan Grant et du paléobotaniste Dr. Ellie Sattler, pour voir le parc. Ils sont choqués de voir des dinosaures vivants, y compris Brachiosaurus , à leur arrivée. Hammond révèle que les dinosaures ont été créés par une équipe de généticiens grâce au clonage, un processus qui utilise l'ADN ancien préservé des moustiques qui se trouvent à l'intérieur de l' ambre , avec de l'ADN de grenouilles utilisé pour combler les génomes manquants . Le généticien en chef, le Dr Henry Wu, souligne que la reproduction est empêchée par tous les dinosauresgénétiquement modifiées en tant que femelles, mais Malcolm théorise que la nature surmontera cet obstacle avec le temps.
Hammond organise pour le groupe, accompagné de ses petits-enfants Tim et Lex, une visite de l'île en véhicules électriques, tandis qu'il supervise la visite de la salle de contrôle avec le travailleur informatique Ray Arnold et le programmeur informatique en chef Dennis Nedry. Le groupe rencontre un Triceratops malade pendant la tournée, mais le Tyrannosaurus et le Dilophosaurus n'apparaissent pas, et la visite est interrompue lorsqu'une tempête tropicale approche de l'île. Sattler reste avec le vétérinaire du parc pour étudier les Triceratops , tandis que le reste du groupe retourne au centre d'accueil.
Nedry avait auparavant été approché par Dodgson, un représentant d'une société rivale, pour leur voler des embryons de dinosaures . Avec la plupart des employés du parc partant pour le continent, Nedry ferme les systèmes de sécurité du parc pour accéder aux embryons et au quai de l'île, où il déposera les embryons. Le sabotage de Nedry coupe également l'alimentation des véhicules de tourisme, les bloquant devant le paddock Tyrannosaurus rex alors que la tempête frappe. Le Tyrannosaures'échappe du paddock et attaque les véhicules, dévorant Gennaro, blessant Malcolm et forçant Grant, Tim et Lex à pénétrer dans les réserves de dinosaures du parc. Sattler, rejoignant le garde-chasse du parc Robert Muldoon, tente de les sauver, mais ils ne peuvent trouver Malcolm et doivent se retirer avec lui que lorsque le Tyrannosaure les poursuit brièvement. Nedry, ayant acquis les embryons, tente d'atteindre le quai, mais se perd dans la tempête, s'échoue et est tué par un Dilophosaurus .
La tempête passe et le lendemain matin, Grant et les enfants tombent sur des œufs cassés. Grant en déduit que les dinosaures ont reçu l'ADN de grenouilles ouest-africaines, qui peuvent passer du mâle à la femelle dans un environnement unisexe, prouvant ainsi à Malcolm que les méthodes de contrôle de la reproduction échoueraient. Le trio retourne au centre d'accueil.
Pendant ce temps, Arnold décide de redémarrer les systèmes du parc pour annuler le sabotage de Nedry et restaurer sa pleine puissance. Il se dirige vers un hangar de maintenance pour réactiver les disjoncteurs , tandis que les autres se réfugient dans un bunker d'urgence. Quand Arnold ne revient pas, Sattler et Muldoon se dirigent vers le hangar, après quoi ils découvrent que le redémarrage a libéré les Velociraptors . Muldoon va dans la jungle pour chasser les Velociraptors , tandis que Sattler atteint le hangar en toute sécurité. Dans le hangar, elle rallume les systèmes du parc et fuit un Velociraptor qui avait tué Arnold. Pendant ce temps, Muldoon tente de tuer les autres Velociraptors , mais est pris en embuscade et tué par l'un d'eux.
De retour au centre d'accueil, Grant laisse les enfants à la recherche de Sattler. Les vélociraptors tentent d'attaquer Lex et Tim, mais ils échappent aux dinosaures et se réunissent avec Grant et Sattler. Dans la salle de contrôle, le groupe termine le redémarrage des systèmes du parc, mais ils sont ensuite poursuivis à travers le centre d'accueil par les Velociraptors . Le groupe est acculé par les Velociraptors jusqu'à ce que le Tyrannosaurus arrive à travers un grand trou dans le mur du centre et tue les Velociraptors , sauvant le groupe et leur permettant de s'échapper.
Ramassé par Hammond et Malcolm, Grant annonce qu'il n'endossera pas le parc, et Hammond accepte. Le groupe monte à bord d'un hélicoptère qui a été envoyé pour les secourir et ils quittent l'île paisiblement à leur retour sur le continent.
L'histoire se déroule dans un futur fictif, en 2007, à "New Angeles" (le nouveau nom donné à la ville de Los Angeles après sa destruction partielle due à un terrible tremblement de terre). Les gangs y font régner la terreur, et la police est forcée d'imposer un couvre-feu pour protéger la population. C'est dans cette atmosphère apocalyptique, que Koga Shuko (Robert Patrick), un homme d'affaires puissant et maléfique, cherche à contrôler la ville par le biais d'un médaillon chinois aux pouvoirs surnaturels et lié à une légende ancienne impliquant deux frères ("le Double Dragon"). Grâce à une sous-fifre, Linda Lash (Kristina Wagner (en)), il réussit à se procurer une partie du médaillon mais il lui manque l'autre moitié. Celle-ci se trouve entre les mains de deux frères, Jimmy et Billy Lee (Mark Dacascos et Scott Wolf) qui apprennent par leur tutrice, Satori Imada (Julia Nickson-Soul), qu'aucun homme ne doit jamais posséder à lui seul les deux parties du médaillon au risque de devenir invincible. Aidés par Marian Delario (Alyssa Milano), la chef du groupe "Power Cops" qui lutte contre les gangs, les frères Lee vont utiliser leur savoir en arts martiaux pour éviter que le mal ne l'emporte.
Les frères Mario, Mario et Luigi, sont deux plombiers italo-américains de Brooklyn. Ils se retrouvent transportés dans une autre dimension où ils doivent affronter le roi Koopa, dictateur d'un peuple constitué de dinosaures ayant évolué en humain. Koopa a kidnappé Daisy, jeune paléontologue, qui détient une pierre possédant un pouvoir mystérieux.
Loner Zack Mayo, fils d'un sous-officier de marine alcoolique et coureur de prostituées s'engage dans l'armée pour devenir officier aviateur. Il doit faire face au sergent instructeur Foley qui lui mène la vie bien plus dure qu'aux jeunes recrues de sa section car, à ses yeux, Zack n'est pas digne de devenir officier. Zack fait connaissance d'une jeune femme Paula dont il tombe amoureux.
Karen McCoy est prise en flagrant délit de vol de banques, du fait d'une mauvaise information d'un partenaire, et purge ses 6 ans de prison. À sa sortie, ses anciens complices, de mèche avec l'officier de police qui la suit, remettent la main sur elle pour la forcer à travailler pour eux. La pression va jusqu'à l'enlèvement de son fils... saura-t-elle s'en sortir ?
En 1625, Louis XIII règne sur le Royaume de France. Le cardinal-duc de Richelieu profite de son influence sur le Roi pour s'emparer progressivement du pouvoir. Avec l'appui de Fèbre, son machiavélique homme de main, il évince les mousquetaires de Louis XIII et les fait remplacer par sa garde personnelle. Mais D'Artagnan, un jeune Gascon fraîchement arrivé à Paris, compte bien l'empêcher d'accomplir ses sombres projets. Avec l'aide d'Athos, Porthos, Aramis et de son vieil ami Planchet, l'intrépide mousquetaire s'engage dans une lutte sans merci pour sauver la Couronne de France.
À Chicago, à l'occasion du crash d'un avion transportant des prisonniers, l'US Marshal Samuel Gerard est aidé par l'un des détenus, Mark Sheridan, pour sauver quelques rescapés, puis voit ce dernier s'évader. Gerard et son équipe le traquent donc, mais découvrent que ce fugitif a une histoire complexe. De son côté, Sheridan essaie de prouver son innocence en confondant ses adversaires.
Un radiotélescope du programme SETI capte des ondes émises par un vaisseau extraterrestre démesuré qui s'est immobilisé en orbite géostationnaire lointaine. Le Pentagone, averti de cette présence, décide de garder le secret sur cette découverte. Peu de temps après, de gigantesques vaisseaux entrent dans l'atmosphère puis prennent lentement position au-dessus de diverses mégapoles mondiales. À Washington, le président des États-Unis Thomas J. Whitmore (Bill Pullman) s'interroge sur la conduite à tenir.
David Levinson (Jeff Goldblum) est analyste informaticien. Il découvre qu'un signal provenant du vaisseau extraterrestre et capté par un radiotélescope joue le rôle d'un compte à rebours. Il décide d'en informer en haut lieu en prenant contact avec son ex-femme Constance Spano (Margaret Colin) qui est conseillère à la Maison-Blanche. Le président décide alors l'évacuation générale, mais il est trop tard : de chacun des vaisseaux surgit un rayon surpuissant qui détruit instantanément les buildings et tous leurs environs. Le lendemain, les lieux visés ne sont plus que ruines et désolation. Le nombre de victimes est très lourd.
Steven Hiller (Will Smith) est capitaine de l'US Marine Corps (USMC). Avec les quelques survivants, le président Whitmore, qui a échappé de justesse à la destruction de la capitale, décide d'organiser la riposte.
L'Air Force One étant en sécurité dans la base militaire de la Zone 51, une première attaque aérienne massive est lancée sur les vaisseaux, mais aussitôt le combat engagé, les pilotes humains constatent que leur armement ne peut percer le bouclier énergétique qui entoure ceux-ci. Écrasés sous le nombre des chasseurs sortis par les vaisseaux envahisseurs, les avions sont abattus les uns après les autres, à l'exception de celui du capitaine Steven Hiller, qui parvient à mener son adversaire dans un dédale rocheux avant de l'aveugler avec sa toîle de parachute et de le faire s'écraser.
Hiller se retrouve dans le désert du comté de Lincoln, au sud-est du Nevada, en compagnie de l'extraterrestre qu'il a assommé et qu'il traîne derrière lui. Il est rejoint un peu plus tard par un convoi de caravanes tractées par des personnes ayant échappé à l'anéantissement, et qu'il va guider vers la Zone 51.
Dans les ruines de Los Angeles, Jasmine Dubrow, compagne de Steven Hiller ayant survécu à l'anéantissement avec son fils Dylan, parvient à dégager plusieurs survivants des décombres, parmi lesquels la Première dame des États-Unis, Marilyn Whitmore, dont l'hélicoptère s'est écrasé peu de temps après le début de la destruction de la ville.
Thomas Whitmore se rend dans la Zone 51. Il y apprend alors que ce n'est pas la première fois que les Humains se trouvent confrontés à ces extraterrestres : un chasseur extraterrestre s'est en effet écrasé en 1947 aux alentours de Roswell et a été récupéré dans la plus grande discrétion par l'US Air Force.
Dans le laboratoire médical de la Zone 51, des scientifiques entament l'ouverture de la combinaison biomécanique de l'extraterrestre capturé par Steven Hiller, toujours inconscient et tenu pour mort, mais l'opération se transforme en désastre, car l'extraterrestre se réveille soudain et tue les scientifiques présents par télépathie. Après une tentative de négociation infructueuse, l'extraterrestre est abattu alors qu'il tente de tuer le président américain.
Ce dernier ayant perçu quelques bribes du passé et des intentions belliqueuses de l'espèce extraterrestre, il décide d'utiliser l'arme nucléaire pour détruire le vaisseau au-dessus de Houston, mais une fois l'explosion dissipée, l'euphorie s'évanouit aussi vite qu'elle est apparue : le vaisseau protégé par son bouclier est toujours intact.
Désemparés, les rescapés ne savent plus quelle piste explorer jusqu'à ce que David Levinson, sous le coup d'une rude gueule de bois et avec l'aide de son père Julius Levinson, ait une soudaine inspiration. L'idée, à la fois d'une simplicité folle et d'une audace sans précédent, consiste à implanter dans le système informatique du vaisseau mère en orbite terrestre un virus informatique qui désactivera par signal satellite les boucliers de tous les vaisseaux extraterrestres.
Steven Hiller et David Levinson se portent volontaires pour piloter le chasseur extraterrestre détenu dans la Zone 51 et réparé par les scientifiques afin d'accéder au vaisseau mère pour y implanter le virus. Sur Terre, la contre-offensive planétaire est lancée, et Thomas Whitmore la mène personnellement à bord de son F-18, tandis que le virus de David Levinson désactive les boucliers de tous les vaisseaux. Cependant, la trop faible puissance des missiles air-air ne permet pas de détruire ceux-ci, d'autant plus que les chasseurs extraterrestres se lancent dans la bataille pour protéger les vaisseaux-mère.
Un vaisseau est sur le point de d'émettre son rayon destructeur sur la Zone 51, le pilote Russell Casse, qui ne peut tirer son dernier missile, bloqué, se sacrifie en lançant son F-18 dans l'émetteur du rayon. Une explosion fulgurante déchire alors le vaisseau, touché en plein cœur, qui s'écrase.
Pendant ce temps, leur chasseur extraterrestre bloqué dans le vaisseau-mère, Steven Hiller et David Levinson tentent le tout pour le tout. Après avoir tiré un missile pourvu d'une ogive nucléaire de très forte puissance qui s'est fiché dans la structure du vaisseau, ils parviennent à se délivrer du dispositif qui retenait leur chasseur et à quitter in extremis le vaisseau mère avant que l'explosion nucléaire le désintègre.
Steven Hiller et David Levinson, qui se sont écrasés dans le désert à leur retour, sont rejoints par Thomas Whitmore et leurs épouses respectives.
Les Men in Black (MIB) font partie d'une organisation ultra-secrète créée afin de réguler la présence sur Terre des extraterrestres. Grâce à leurs technologies avancées, ils sont virtuellement inexistants, effaçant la mémoire des témoins gênants. Ainsi, la population ignore la présence de vie extraterrestre au sein de notre planète. Le qualificatif d'hommes en noir vient des complets noirs et des lunettes sombres que les membres de l'organisation doivent porter en tout temps.
K (Tommy Lee Jones), agent de longue date du MIB, vient de perdre son mentor, qui a pris la décision de se retirer en raison de son âge avancé. Il tente donc de se dénicher une nouvelle recrue. Il finit par la trouver en l'officier du NYPD James Darrell Edwards III (Will Smith), jeune homme extraverti qui est capable de pourchasser un alien à pied, et qui possède par ailleurs une bonne intuition.
C'est ainsi que le jeune James devient l'agent J. Cependant, il est encore loin de se douter des épreuves qui l'attendent : une « bestiole » (bug, dans la version américaine), un extraterrestre très peu pacifique semblable à un cafard géant, cherche à s'emparer d'une galaxie gardée par un prince arquilien... L'agent J apprendra rapidement à quel point il est difficile d'assurer l'avenir de la planète alors que les aliens qu'il recherche prennent les corps humains comme déguisements, et que la population doit demeurer dans l'ignorance totale.
Au lendemain de l'holocauste nucléaire du 29 août 1997, les survivants humains entrent en résistance contre la dictature des « machines » (des robots intelligents), ce qui les mène à la victoire en 2029.
L'ordinateur qui contrôle les machines, Skynet, avait envoyé un Terminator (un cyborg tueur) en 1984, afin d'éliminer Sarah Connor avant qu'elle n'ait mis au monde son fils, John Connor, appelé dans le futur à devenir le chef de la résistance humaine contre les machines. Ce plan n'ayant pas fonctionné, Skynet envoie de nouveau un tueur cybernétique, cette fois-ci en 1995, quelque temps avant le début de la guerre atomique de 1997, pour cette fois-ci tenter d'éliminer directement John Connor, encore enfant à cette époquea. Mais, dans le même temps, la résistance humaine envoie elle aussi à cette époque un individu pour protéger John.
En 2029, une guerre oppose ce qui reste de l'humanité — décimée par un holocauste nucléaire — aux machines dirigées par Skynet, un système informatique doté d'intelligence artificielle qui a pour objectif la suprématie des Machines sur les hommes. La résistance humaine, menée par John Connor, étant sur le point de triompher en 2029, Skynet envoie dans le passé en 1984 un Terminator, un assassin cybernétique à l'apparence humaine afin de tuer la mère de John, Sarah Connor et ainsi empêcher la naissance de John, « effaçant » de manière rétroactive son existence et ses actes futurs. En réaction, John envoie à la même époque Kyle Reese, un résistant humain, afin de protéger sa mère.
Le film suit cinq étudiants du lycée Shermer alors qu'ils sont en retenue ensemble le samedi 24 mars 1984. Ils se connaissent de vue mais viennent de cinq bandes et milieux sociaux très différents. Le principal du lycée, monsieur Vernon, leur donne un devoir : chacun d'entre eux doit écrire une dissertation de mille mots sur le sujet Qui pensez-vous être ? et expliquer pourquoi il est en retenue.
Le délinquant, Bender, est immédiatement désagréable envers les autres et les provoque à plusieurs reprises. Il fait semblant d'uriner sur le sol, suggère qu'Andrew, l'athlète, et lui-même séquestrent et violent la fille à papa, Claire, met en doute la virilité et l'athlétisme d'Andrew et casse la porte de la bibliothèque pour qu'elle ne puisse pas rester ouverte, empêchant Vernon de surveiller les adolescents depuis son bureau. Pendant la pause de midi, il se moque de la vie de famille de Brian, le surdoué, puis raconte sa relation avec son père, qui le maltraite verbalement et physiquement. Hors de lui, il se ferme à nouveau et s'asseoit seul, refusant d'adresser la parole au groupe à nouveau. Il les rejoint à nouveau plus tard dans le film.
Alors que Vernon, le principal, fouille les dossiers personnels des professeurs, il est interrompu par le concierge, Carl, qui exige de l'argent en échange de son silence. Ils discutent ensuite tous les deux. Vernon affirme avoir peur de l'avenir et du fait que les lycéens actuellement en retenue finiront par gouverner les États-Unis. Il ajoute que depuis qu'il a commencé à être professeur, les enfants ont changé, devenant plus arrogants, agressifs et irrespectueux. Carl lui répond que c'est sa propre attitude qui a évolué avec le temps et que les enfants n'ont pas changé depuis la génération précédente.
Le groupe de lycéens parvient à s'enfuir de la bibliothèque, allant au casier de Bender, où ce dernier récupère une petite réserve de cannabis. En revenant, ils croisent Vernon et parviennent à se cacher. Bender se sacrifie, cachant sa drogue dans le caleçon de Brian puis partant chanter dans un couloir pour attirer le principal. Vernon, ayant attrapé Bender, l'enferme dans un placard. Il le provoque et lui propose de le frapper une fois, promettant de ne pas se défendre. Bender a peur de la proposition et refuse, tandis qu'il apparaît que Vernon voulait affirmer en public que l'étudiant l'avait agressé, la parole d'un principal de lycée valant plus que celle d'un délinquant adolescent. Lorsqu'il part, Bender parvient à se glisser dans le faux plafond et à retourner dans la bibliothèque.
Dans la bibliothèque, fumant du cannabis et discutant, les lycéens se racontent leurs secrets. Allison, la détraquée, est une menteuse compulsive. Claire et Brian ont honte d'être vierges, Andy a eu des problèmes à l'école à cause de son père trop exigeant. Ils découvrent qu'ils ont tous une relation difficile avec leurs parents et qu'ils ont peur de reproduire les erreurs de leurs aînés en grandissant. Ils se disent aussi qu'après la retenue, chacun retournera à son groupe social habituel et ils ne s'adresseront probablement plus jamais la parole. Ils avouent aussi la raison de leur retenue. Claire a séché les cours pour sortir avec des amies. Elle raconte que ses parents ont un mariage difficile et qu'ils utilisent Claire pour se faire souffrir mutuellement. Brian raconte avoir voulu se suicider après une mauvaise note : il a amené un pistolet de détresse qu'il a caché dans son casier, mais le pistolet a tiré de lui-même dans le casier, démarrant un petit incendie. Andrew, voulant impressionner son père tyrannique, a attaqué un autre lycéen dans le vestiaire du gymnase, le frappant et lui collant les fesses avec du scotch : les blessures ne sont pas graves, mais très humiliantes pour la victime. Enfin, Allison ne fournit pas de détails sur sa faute, disant simplement qu'elle n'a rien de mieux à faire le samedi.
Avec ces secrets, les comportements de chacun des adolescents évoluent, le changement le plus flagrant étant celui de Bender qui devient plus sympathique et moins agressif. Claire relooke Allison, qui plaît alors à Andrew. Vers la fin de la retenue, Bender retourne dans son placard et Claire l'accompagne : ils s'embrassent et elle lui offre une de ses boucles d'oreille. Elle demande également à Brian, qui s'exprime très bien à l'écrit, de rédiger la dissertation demandée par le principal.
Le film se clôt sur la lecture en voix off de la réponse laissée par Brian à Mr. Vernon :
« M. Vernon, nous acceptons d'avoir sacrifié tout un samedi en retenue puisque vous pensez que nous avons fait quelque chose de mal. Mais nous trouvons absurde le sujet de dissertation que vous nous avez donné : "Qui pensez-vous être ?". Vous nous voyez comme vous voulez bien nous voir. Nous, nous avons trouvé une définition très simple : chacun de nous est à la fois un surdoué et un athlète et une détraquée et une fille à papa et un délinquant. Ça vous va ?
Signé : Le Breakfast Club. »
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Un major de l'unité des forces spéciales des marines des États-unis se retrouve au chômage. Incapable de faire face à la vie civile, il est envoyé dans le régiment militaire de l'académie pour enfants de Madison.
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Il tente de faire du chantage au député pour qu'il fasse pression sur le juge qui a décidé de donner la garde d'Angela au père. Il est retrouvé mort dans un lac par Al Garcia, qui se met à enquêter. Dans l'appartement de l'admirateur, de nombreuses photographies d'Erin sont affichées. Il interroge alors Erin, qui le met sur la voie du député.
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